İTÜ Çalışma Grupları

^{Sürekli Respirometre, Applitek Ra-Combo}

^{Oksijenmetre, WTW Level 2}

^{İon Kromatograf, DIONEX ICS-1500Dionex}

^{Gaz Kromatograf, Agilent Technologies 6890N}

^{Yüksek Basınçlı Sıvı Kromatograf, Agilent 1100 Series}

^{Freeze Dryer, ThermoSavant  Modulyo D}

^{UV Visible Spektrofotometre, PerkinElmer Lambda 25}

^{Epifloresan Ataşmanlı Araştırma Mikroskopu Olympus B202}

^{Likit Kromatograf-Kütle Spektrofotometre- Kütle Spektrofotometre (LC-MS-MS), Thermo Accela and Thermo Quantum Tandem MS}

^{TOK Cihazı, Shimazhu}

^{Ultrasonikasyon aleti (Bandelin Sonopuls 3200)}

^{GC FID dedektörlü /Agilent GC6890}

^{pH metre /Thermo Orion SA 520}

^{CST cihazı}

^{GC TCD dedektörlü /Perichrom}

^{DGGE Ünitesi (D Code/ BIO-Rad)}

^{İnkübatörlü karıştırıcı (Heidolph Titramax 1000)}

^{PCR Ünitesi ve Optik Modülü (Cromo 4- Peltier Thermal Cycler/ Bio-Rad)}

^{PCR Kabin (UVC T-M-AR/Biosan)}

^{Jel Görüntüleme-Dokümantasyon Sistemi  Gel Doc Xr System (Bio-Rad Marka)}

^{Soğutmalı Santrifüj Aleti (Rotina 38R/ Hettich)}

^{Yatay-Batık Tip Jel Elektroforez Sistemi (Sub- Cell GT OWL D3-14/ Bio-Rad)}

^{Dikey Tip Derin Dondurucu (-20C) (Bosch)}

^{Soğutmalı Saklama Dolabı (+4C) (Bosch)}

^{Biyolojik Güvenlik Kabini (Esco Class II Type)}

^{-80 °C Derin Dondurucu (Ilshin/ Deep Freezer)}

^{Boncuklu Numune Dövücüsü Fast Prep 24/ MP}              

^{Çalkalıyıcı Platform (Duomax 103D/ Herdolph)} 

^{Mikropipet Setleri, FinnPipette}               

^{Fırınlar, CARBOLITE CWF 13/13}

^{Tartım Cihazları, Mettler Toledo AX205}

^{pHmetreler, Orion 720A}

^{New Brunswick Scientific Fermenter & Bioreactor, Model : Modular BioFlo 110 (2adet)}

^{Tam-otomasyonlu Fermentör-tipi Reaktör Sistemleri (Applikon, SartoriusStedim)}

^{Inductively Coupled Plasma – Optical Emission Spectrometer (ICP-OES) Perkin Elmer OPTIMA 7000DV}

^{Yüksek Basınçlı Sıvı Kromatograf, Shimadzu}

^{TOK Cihazı, Shimadzu}   

^{Biyoreaktör, New Brunswick Scientific}

^{Santrifüj Cihazı / Genofuge}

^{Vortex cihazı/ Elektro-Mag}

^{FastPrep 24 / MP Biomedicals}

^{Elektroforez güç kaynağı ve tankı/EC}

^{Thermal Cycler/ Techne}

^{Lightcycler real-time PCR / Roche}

^{Dcode DGGE Sistemi /Bio-Rad}

^{Flüoresan Mikroskop ve ataçmanları /Leica}

^{Soğutmalı Dijital Kamera/ DFC320}

^{Slot-blot hibridizasyon sistemi}

^{Membran Biyoreaktör Pilot Tesisi}

• Endüstriyel Yardımcı Kimyasal Maddelerin Biyolojik Ayrışabilirlik ve Toksisite açısından Araştırılması, Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Fonu, İstanbul Teknik Üniversitesi, 2009- 2014.
• Diklofenak'ın Evsel Atıksu Arıtma Tesislerindeki Gideriminin Araştırılıp Biyolojik Arıtılabilirliğinin Değerlendirilmesi, TÜBİTAK 110Y319, 15.7.2011-15.7.2014.
• Evsel ve Kentsel Atıksu Arıtma Tesislerinde oluşan arıtma çamurlarının mezofilik anaerobik şartlarda arıtılmasında ultrasonik ön arıtmanın etkisinin incelenmesi  İTÜ Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri, (2012 – devam ediyor )
• Diklofenak’ın Evsel Atıksu Arıtma Tesislerindeki Gideriminin Araştırılıp Biyolojik Arıtılabilirliğinin Değerlendirilmesi TÜBİTAK KARİYER Projesi, 110Y319, (2011 – 2014)
• Ultrasonik Dezentegrasyonun Arıtma Çamurlarının Anaerobik Stabilizasyonunda Mikrobiyal Populasyon Dinamiğine Etkisi  İTÜ Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri, (2013 – devam ediyor)
• "Endüstriyel Yardımcı Kimyasal Maddelerin Biyolojik Ayrışabilirlik ve Toksisite açısından Araştırılması", Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Fonu, İstanbul Teknik Üniversitesi, 2009- devam ediyor
• “Tehlikeli Maddelerin ve Atıkların Çevreye Etkilerinin İncelenmesi ve Kontrolü - Pilot Havzalarda Tehlikeli Madde Envanterlerinin Hazırlanması”, 2012- devam ediyor.
• “Ülkemiz Kıyı ve Geçiş Sularında Tehlikeli Maddelerin ve Çevresel Kalite Standartlarının Belirlenmesi”, 2013-devam ediyor.
• Ubay Çokgör, E., Orhon, D., Pala Özkök, İ., Zenobiyotiklerin Aerobik Biyolojik Ayrışabilirlik Özelliklerinin ve Karışık Mikrobiyal Kültür Üzerine Toksisite/İnhibisyon Etkilerinin Değerlendirilmesi, İTÜ Fen Bilimleri Doktora Projesi (B tipi proje), Proje No: 33680, Proje Araştırmacısı, 2010-Proje Kapanma aşamasında.
• Ubay Çokgör, E., Orhon, D., Ölmez Hancı, T., Pala Özkök, İ., Katipoğlu-Yazan, T. Antibiyotiklerin Biyolojik Ayrışabilirlik Özelliklerinin ve Karışık Mikrobiyal Kültür Üzerine Toksisite/İnhibisyon Etkilerinin Değerlendirilmesi, İTÜ Bilimsel Araştırma Projesi (B tipi proje), Proje No: 33742, 2010-Proje Kapanma aşamasında.
• Karahan-Özgün, Ö., Arslan-Alaton, İ., Ölmez- Hancı, T., Pala-Özkök, İ., Zeytinyağı Endüstrisi Karasularının Biyolojik Arıtılabilirliğinin İncelenmesi ve Kimyasal Proseslerle İyileştirilmesi, İ.T.Ü. Araştırma Projesi, Genç Araştırmacıları Destekleme Programı Projeleri (B tipi proje), Proje No: 32897, 2009-Proje devam ediyor.
• "Sülfat İndirgeyen Bakterilerle Asidik Maden Sızıntı Sularından Arsenik Gideriminin UASB Reaktörde Araştırılması ", BAP Arastırma Projesi, FBA-2012-174 , Devam Ediyor
• "Evsel Atıksu Arıtımı Amacıyla Anoksik/Aerobik ve Anaerobik Membran Biyoreaktör Geliştirilmesi", TÜBITAK Projesi, 26732, Devam Ediyor
• "Elementel Kükürt Bazlı Ototrofik ve Miksotrofik Denitrifikasyon Performansının Membran Biyoreaktörlerde İncelenmesi ", BAP Diğer, FUY-2013-285, Devam Ediyor
• "Tekstil Endüstrisi Atıksularının Anaerobik Ve Aerobik Membran Biyoreaktörlerde Arıtımı Ve Su Geri Kazanımı", TÜBITAK Projesi, 113Y336, Devam Ediyor
• “Evsel Atıksuların Aerobik Granüler Çamur Teknolojisi ile Yerinde Arıtımı”, TÜBİTAK 111Y036 nolu Proje; (2012-2014).
• İmmobilize-Hücre Uygulamasi İle Membran Biyoreaktörlerin Kisitli İşletme Koşullarinda (Yüksek Hacimsel Organik Yükleme-Düşük Hidrolik Bekletme Süresi) Karbon Giderimi ve Nitrifikasyon Veriminin İncelenmesi, 112Y021, 2012- 2013 CAYDAG, TUBITAK.
• Evsel/Kentsel Arıtma Çamurlarının Yönetimi, TÜBİTAK 108G167, 1.6.2010-1.6.2013,.
• Tavuk Atıklarının Farklı Aşı Çamuru İçeren Reaktörlerde Havasız Arıtılabilirliklerinin Karşılaştırılmalı Olarak Değerlendirilmesi, İTÜ BAP Projesi, 31 Mart 2011 – 13 Ağustos 2013,  .
• Evsel/Kentsel Atıksu Arıtma Çamurlarının Yönetimi Projesi, 108G167 TUBİTAK KAMAG 1007 Projesi, Müşteri Kamu Kurumu: Çevre ve Orman Bakanlığı Çevre Yönetimi Genel Müdürlüğü ve KASKİ Genel Müdürlüğü, Proje Yürütücüsü Kurumlar: İstanbul Teknik Üniversitesi, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Dokuz Eylül Üniversitesi, Boğaziçi Üniversitesi, (2010 – 2013)
• "Türkiye’de Avrupa Birliği Çevre Mevzuatı ile Uyumlu Tehlikeli Atık Yönetimi", TÜBİTAK, Kamu Kurumları Araştırma ve Geliştirme Projesi, 2009- 2013.
• İTÜ Proje Grubu, DEÜ Proje Grubu, ODTÜ Proje Grubu, BÜ Proje Grubu Yönetici: Prof. Dr. Emine Ubay Çokgör, Evsel/Kentsel Arıtma Çamurlarının Yönetimi, TUBİTAK Projesi, Proje No: 108G167, Proje Araştırmacısı, 2010- 2013.
• Aktif Çamur Prosesinde Aşırı Çamur Üretimini Azaltma ve Azot Gideriminin Birlikte Gerçekleştirilebilirliği, İTÜ Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri, Mart 2012-Eylül 2013, Bütçe: 35000 TL
• "Asidik Maden Sızıntı Sularının Geçirgen Reaktif Bariyerler (Yerinde Arıtım) ve Anaerobik Perdeli Reaktörler (Dışarıda Arıtım) Kullanarak Arıtımı", Diğer Projeler, 110Y379, Yönetici, 2013
• "Kükürt-Bazlı Ototrofik Denitrifikasyon Prosesiyle Nitrifiye Edilmiş Atıksulardan Azot Giderimi Ve Prosesin Paket Arıtma Sistemlerinde Kullanımına Yönelik Teknolojinin Geliştirilmesi", TÜBITAK Projesi, 15162, Danisman, 2013
• Membran Biyoreaktörlerin Kısıtlı İşletme Koşullarında (Düşük Hidrolik Bekletme ve Düşük Çamur Bekletme Süreleri Uygulanarak) Karbon Giderimine Yönelik Performansının İncelenmesi ve Oluşan Çamurun Yakıt Olarak Kullanımının Değerlendirilmesi, 109Y261, CAYDAG, 2010- 2012 TUBITAK.
• Arslan-Alaton, I., Olmez-Hanci, T., Karahan, O., Pala, I., Orhon, D., Tekstil Endüstrisinde Kullanılan Anyonik, Katyonik ve Noniyonik Yüzey Aktif Maddelerin Oksidasyon ve Biyolojik Aktif Çamur Prosesleri ile Entegre Arıtımı, İTÜ Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi, Genç Araştırmacıları Destekleme Programı Projeleri (B tipi proje), Proje No: 33435, Proje Araştırmacısı, 2010-2012.
• “Endüstriyel Atıksu Arıtımında Yeni Bir Yaklaşım: Aerobik Granüler Aktif Çamur Teknolojisi”, TÜBİTAK 108Y313 nolu Kariyer Projesi;  (2009-2012).
• Orhon, D., Ubay Çokgör, E., İnce, O., Cakar, Z.P., İnsel, G., Pala, I., Cetecioğlu,Z., Zenobiyotiklerin Biyolojik Ayrışabilirlik Özelliklerinin ve Karışık Mikrobiyal Kültür Üzerine Toksisite/İnhibisyon Etkilerinin Değerlendirilmesi, Türkiye Bilimler Akademisi Projesi, Proje Araştırmacısı, 2008-2011.
• "İçme Suyunda nitrat ve nitrit giderimli amaçlı kükürt-bazlı ototroflik denitrifikasyon proses performansının kolon tipi reaktörlerde incelenmesi.", Diğer Kurumlarca Desteklenen, HÜBAK-1062, Yönetici, 2011
• "Anaerobik Perdeli Reaktörlerde (ABR) Bakır ve Çinko İçeren Asidik Maden Sızıntı Sularının Arıtımı ve Metal Geri Kazanımı", Diğer Kurumlarca Desteklenen, HÜBAK-1021, Yönetici, 2011
• "Yukarı Akışlı Akışkan Yataklı Biyoreaktör Kullanılarak Üretilen Biyojenik Sülfür ile Asidik Maden Sızıntı Sularından Bakır ve Demirin Ayrı Ayrı Çöktürülerek Geri Kazanılması", Diğer Kurumlarca Desteklenen, HÜBAK-1006, Yönetici, 2011
• "Yatay Yüzey Altı Akışlı Yapay Sulak Alan Sistemlerinin Kullanılarak Stabilizasyon Havuzu Çıkışından Alg Giderilmesi ve Çıkış Suyu Kalitesinin İyileştirilmesi", TÜBITAK Projesi, ÇAYDAG-110Y014, Arastirmaci, 2011
• Atıksularda Sentetik Östrojenin Ölçümü ve Biyolojik Süreçler Sırasındaki Davranışının
• Belirlenmesi, İ.T.Ü. BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJESİ (BAP), Araştırıcı,  Haziran 2009-2011.
• Atıksularda Sentetik Östrojenin Ölçümü ve Biyolojik Süreçler Sırasındaki Davranışının Belirlenmesi, İTÜ BAP Projesi, (2009 - 2010)
• "Denizli (Merkez) Atıksu Arıtma Tesisi Performansının Yapay Sinir Ağları Kullanılarak Modellenmesi", Diğer Kurumlarca Desteklenen, HÜBAK-914, Yönetici, 2010
• "Klorlu Organik Bileşiklerin Hidrojene Dayalı Membran Biyofilm Reaktörü ile Halojensizleştirilmesi", TÜBITAK Projesi, ÇAYDAG-108Y136, Arastirmaci, 2010
• “Çevre Biyoteknolojisi Araştırma Laboratuvarı Altyapısının Oluşturulması ve Güçlendirilmesi”, Pamukkale Üniversitesi, PAÜ-BAP Kurumsal Altyapı Projesi, Proje No: 2010KRM002; (2010).
• Düşük Masraflı Arıtma Teknolojilerinin Türkiye Şartlarına Göre Geliştirilmesi ve Marmara Bölgesi İçin Örnek Uygulama Projesi, TÜBİTAK 105G047, 1.7.2006-1.7.2009,.
• Evsel Atıksuların Doğal Ortam Sıcaklıklarında Havasız Çamur Yataklı Reaktör (HÇYR)'lerde Arıtımı ve İlave Kimyasal Arıtma Uygulamaları, İTÜ Bilimsel AraştırmaProjesi 32486, 2009,.
• İleri Biyolojik Atıksu Arıtma Tesislerinin Tasarım Kriterlerinin İncelenmesi ve Model Bazlı Proses Optimizasyonu, İTÜ BAP Projesi, (2007 - 2009)
• Aerobik Çamur Stabilizasyonunun Biyokütle ve Tür Çeşitliliğine Etkisi, İBB Projem İstanbul-Akademik Araştırmaların Desteklenmesi Projesi, (2008 - 2009)
• Orhon, D., Ubay Çokgör, E., vd., Zenobiyotikler: Ayrışabilirlikleri, Toksik Etkileri ve En Uygun Arıtma Seçenekleri, İTÜ Araştırma Projesi, Proje Araştırmacısı, 2006-2009
• Artan, N., İnce, O., Bayraktar, D., Yağcı, N., Taşlı, R., Başak, B. (2008). Biyolojik Arıtma Sistemlerinin Biyoplastik Üretimine Yönelik Optimizasyonu, Geri Kazanma ve Ekonomik Analizi, İTÜ Araştırma Fonu.
• Novel Sustainable Bioprocesses for the European Colour Industries – SOPHIED, SME-Integrated Project, European Union 6th Framework Program, 2004 – 2008.
• Evsel Atıksular ve Organik Katı Atıkların Birlikte Arıtımı Yoluyla Yenilenebilir Enerji (Biyometan) Geri Kazanım Teknolojilerinin Araştırılması Projesi, TÜBİTAK 105G024, 1.7.2006–1.7.2008,.
• Zenobiyotikler: Ayrışabilirlikleri, Toksik Etkileri ve En Uygun Arıtma Seçenekleri İTÜ BAP Projesi, (2006 - 2008)
• Arıtma Çamurlarının Stabilizasyon Seviyesinin Belirlenmesinde Deneysel Yaklaşım, Yürütücü, İTÜ BAP, YL Destek Projesi, 2007-2008.
• İSKİ Tuzla Biyolojik ve Paşaköy İleri Biyolojik Atıksu Arıtma Tesisleri Tasarım Kriterleri ve Yeni Yapılacak Arıtma Tesislerinin (Tuzla ve Paşaköy 2. Aşamaları ile Ataköy, Ambarlı Tesisleri) Tasarım Kriterlerinin İncelenmesi, İSKİ Destekli Bağımsız Proje, (2006 - 2008)
• "Novel sustainable bioprocesses for the European colour industries", AB 6. Çerçeve IP Projesi, 2004-2008.
• Tekstil Hazırlama, Boyama ve Apreleme Proseslerinde Kullanılan Kimyasalların Kirletici Etkileri ve En Uygun Entegre Arıtma Teknolojileri, Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Fonu, İstanbul Teknik Üniversitesi, 2004- 2006.
• Alternating Intermittent Aeration Activated Sludge Systems, 2003 – 2006 EUREKA.
• Technical Assistance for Environmental Heavy-Cost Investment Planning, Turkey-Nevsehir Wastewater Treatment Plant Project: Feasibility Study, funded by TR MoEF and EU, Ref: Kontrat no: TR/0203.03/001, T.C. Çevre ve Orman Bakanlığı, 2004 – 2006.
• Expert on the Council Directive concerning Urban Wastewater Treatment; Council Directive on the Quality of Water intended for Human Consumption; Council Directive on the Protection of the Environment and, in particular of the Soil, when Sewage Sludge is Used in Agriculture- Technical Assistance for Environmental Heavy Cost Investment Planning Project supported by Europaid, 2003 – 2006.
• Technical Assistance for Environmental Heavy-Cost Investment Planning (EHCIP) Turkey”, European Comission Pre-Accession Financial Assistance 2002, National Programme for Turkey, 2003 – 2006.
• "Tekstil Hazırlama, Boyama ve Apreleme Proseslerinde Kullanılan Kimyasalların Kirletici Etkileri ve En Uygun Entegre Arıtma Teknolojileri", Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Fonu, İstanbul Teknik Üniversitesi, 2004- 2006.
• "Avrupa Birliği Entegre Kirlilik Önleme ve Kontrol Direktifinin (IPPC) Türkiye'ye Uyarlanmasında Teknolojik Açıdan Yol Haritasının Oluşturulması: Tekstil Endüstrisi" TC Başbakanlık DPT Projesi, 2005- 2007.
• Technical Assistance for Environmental Heavy-Cost Investment Planning, ENVEST, TC Çevre Ve Orman Bakanlığı, 2003-2005.
• Removal and Destruction of N-nitrosodimethylamine (NDMA) and NDMA Precursors during Wastewater Treatment, WateReuse Foundation (WRF-01-002), 2003-2005.
• "Technical Assistance for Environmental Heavy-Cost Investment Planning", ENVEST, TC Çevre Ve Orman Bakanlığı, 2003-2005.
• Artan, N, Taşlı, R., Ozgür, N, İnsel G., Dülekgürgen E., (2003) Biyolojik Aşırı Fosfor Gideriminin Modellenmesinde Deneysel Esaslar, TÜBİTAK, Çevre Biyoteknolojisi Araştırma Ünitesi, YDABÇAĞ-199Y115.
• Vizyon 2023 Bilim ve Teknoloji Stratejileri Teknoloji Öngörü Projesi, Çevre ve Sürdürülebilir Kalkınma Tematik Paneli- Raportör, 2002 – 2003 TÜBİTAK.
• Biyolojik Azot Gideren Sistemlerin Modellenmesi ve Tasarım Esasları, İTÜ Araştırma Fonu 2001 – 2003.
• Aktif Çamur Sistemlerinde Çamur Üretiminin İnorganik Fraksiyonları, İTÜ Araştırma Fonu 2001 – 2003.
• Denitrifikasyon Prosesinde Azotlu Ara Ürünlerin Birikiminin Kinetik Esasları, 2001 – 2003 İTÜ Araştırma Fonu.
• Denitrifikasyon Prosesinde Azotlu Ara Ürünlerin Birikimi, 2001 – 2003 TÜBİTAK.
• Aktif Çamur Sistemlerinin Depolama Kavramı İle Uyumlu Modellenmesi, 2000 – 2003 TÜBİTAK.
• Birincil Çamur Fermentasyonu Ürünlerinin Besi Maddesi Gideren Aktif Çamur Sistemlerine Etkisinin Incelenmesi, PROJE NO: IÇTAG-Ç018, TÜBITAK Destekli Araştırma Projesi, (2001 – 2003).
• Birincil Çamur Fermentasyonu Ürünlerinin Besi Maddesi Gideren Aktif Çamur Sistemlerine Etkisinin İncelenmesi, İTÜ BAP Projesi, (2002 – 2003)
• Kuyumcukent S.S. İstanbul Kuyumcu Sanatkarları Toplu İşyeri Yapı Kooperatifi Atık Yönetimi Projesi”, İTÜ Çevre Mühendisliği Bölümü, (2002 - 2003).
• “Role and Significance of Polyhydroxyalkonates in Enhanced Biological Phosphorus Removal”, İTÜ Araştırma Fonu Proje No 1961; (2001-2003).
• "Yaş Yöntemle Mısır Öğütme Atıksularının Arıtılabilirliği" TÜBİTAK, Türkiye Bilimsel ve Teknik Araştırma Kurumu, Proje No: YDABÇAG-100Y051, 2002.
• "Tekstil Endüstrisi Yünlü Kumaş Son İşlemlerinde Geri Kazanım ve Yeniden Kullanım" TÜBİTAK, Türkiye Bilimsel ve Teknik Araştırma Kurumu, Proje No: YDABÇAG-199Y114, 2002.
• Artan, N., Orhon, D., Özgür, N, Taşlı, R. (2001) Ardışık Kesikli Reaktörlerde Aşırı Biyolojik Fosfor Giderimi Üzerine Nitrifikasyon Denitrifikasyon Prosesinin Etkisi, TÜBİTAK, Türkiye Bilimsel ve Teknik Araştırma Kurumu, YDABÇAG 584/Ü-6.
• Tarıma Dayalı Endüstrilerin Atıksu Karakterizasyonu ve Biyolojik Arıtılabilirliği, TÜBİTAK, Türkiye Bilimsel ve Teknik Araştırma Kurumu, Proje No: YDABÇAG-584/Ü-5, 2000.
• Evsel Atıksularda Azot Gideren Tek Kademeli Aktif Çamur Sistemlerinin Tasarımı için Standart Oluşturulması, TÜBİTAK, Türkiye Bilimsel ve Teknik Araştırma Kurumu, Proje No: YDABÇAG-584/Ü-7, 2000.
• Evsel ve Endüstriyel Atıksularda Hidroliz Mekanizmasının ve Dönüşüm Oranının Belirlenmesi, İTÜ Araştırma Fonu, 1997 – 2001.
• Değişik Atıksularda Hidroliz Mekanizmasının ve Dönüşüm Oranının Belirlenmesi, TÜBİTAK, 1997 – 2000.
• İçsel Solunumun ve Fermantasyon Ürünlerinin Karbon Kaynağı Olarak Kullanıldığı Ortamlarda Denitrifikasyon Kinetiği, 1997 – 2000, TÜBİTAK.
• Azot Gideren Sürekli Aktif Çamur Sistemlerinin Bilgisayar Destekli Tasarımı, 1997 – 2000, TÜBİTAK.
• Tarıma Dayalı Endüstrilerin Atıksu Karakterizasyonu ve Biyolojik Arıtılabilirliği, TÜBİTAK, Türkiye Bilimsel ve Teknik Araştırma Kurumu, Proje No: YDABÇAG-584/Ü-5, 2000.
• Tekstil Endüstrisi Atıksuları için Uygun Arıtma Teknolojileri, İ.T.Ü. Araştırma Fonu Projesi, 2000.
• "Evsel Atıksularda Azot Gideren Tek Kademeli Aktif Çamur Sistemlerinin Tasarımı için Standart Oluşturulması", 1997-2000. TÜBİTAK Çevre Biyoteknolojisi Araştırma Ünitesi.
• Ardışık Kesikli Reaktör Sistemi ile İstanbul Evsel Atıksularında Yüksek Hızlı Karbon Giderimi. İstanbul Su ve Kanalizasyon İdaresi (İSKİ), İstanbul Teknik Üniversitesi, 1998-1999.
• Artan, N., Taşlı, R., Özgür, N., Görgün, E. (1999). Biyolojik Azot ve Fosfor Gideren Aktif Çamur Sistemlerinin Tasarım İşletme ve Kontrol Esaslarının Belirlenmesi. İ.T.Ü. Araştırma Fonu.
• Deri Endüstrisi Atıksularında Karbon Giderimi ve Nitrifikasyon- Denitrifikasyon Kinetiğinin Belirlenmesi, 1997 – 1999, TÜBİTAK.
• Anaerobik Biyoteknoloji ile Evsel ve Endüstriyel Atıksulardan Biyoenerji Geri Kazanımı Projesi, DPT 104, 1999,.
• Ardışık Kesikli Reaktörlerde Nitrifikasyon - Denitrifikasyon Mekanizmasının Modellenmesi ve Uygulama Esaslarının Saptanması, 1991 – 1993, İTÜ Araştırma Fonu.

• D. Orhon, F. Germirli Babuna, I. Kabdaşlı, G. İnsel, Ö. Karahan, H. Dulkadiroğlu, S. Doğruel, F. Sevimli, A. Yediler, "A Scientific Approach to Wastewater Recovery and Reuse in the Textile Industry", Water Science and Technology, Vol. 43(11), 223-231, 2001.
• Dulekgurgen E, Artan N, Orhon D, Wilderer, P. A. (2008) How does shear affect aggregation in granular sludge sequencing batch reactors? Relations between shear, hydrophobicity, and extracellular polymeric substances, Water Science and Technology: 58 (2), 267-276.
• Sözen, S., Teksoy, S., Papapetrou, M. (2008). Assessment of Institutional and Policy Conditions in Turkey: Implications for the Implementation of Autonomous Desalination Systems. Desalination 220(1-3), 441–454.
• Gomec C. Y., Cifci D. I., Ozturk I, Kinaci C, "Combined Anaerobic Treatment of Domestic Wastewater and Landfill Leachate at Psychrophilic Temperatures", Fresenius Envir. Bulletin, Vol. 17, No. 11a, 2008, s. 1828-1832.
• Gomec, C. Y., I. Letsiou, I. Ozturk, V. Eroglu and P. A. Wilderer. (2008). Identification of Archaeal Population in the Granular Sludge of an UASB Reactor Treating Sewage at Low Temperatures. Journal of Environmental Science and Health A43 (13), 1504-1510
• Pala, I., Kolukirik, M., Insel, G., Ince, O., Cakar, Z.P., Orhon, D. (2008). Fluorescence in situ hybridization (FISH) for the assessment of nitrifying bacteria in a pilot-scale membrane bioreactor, Fresenius Environmental Bulletin, 17(11), 2255 – 2261.
• Dizge,N. and Keskinler,B. 2008. Enzymatic production of biodiesel from canola oil using immobilized lipase, Biomass & Bioenergy 32: 1274-1278.
• Korkut,S., Keskinler,B., and Erhan,E. 2008. An amperometric biosensor based on multiwalled carbon nanotube-poly(pyrrole)-horseradish peroxidase nanobiocomposite film for determination of phenol derivatives, Talanta 76: 1147-1152.
• Dizge,N., Keskinler,B., and Tanriseven,A. 2008. Covalent attachment of microbial lipase onto microporous styrene-divinylbenzene copolymer by means of polyglutaraldehyde, Colloids and Surfaces B-Biointerfaces 66: 34-38.
• Ince,M., Yidiz,F., Engin,G.O., Engin,S.N., and Keskinler,B. 2008. Respirometric kinetic parameter calculations of a batch jet loop bioreactor treating leachate and oxygen uptake rate estimation by DTM, Journal of Hazardous Materials 153: 991-998.
• Özkaya B., Şahinkaya E., Nurmi P., Kaksonen A.H. , Puhakka J.A. , "Biologically Fe2+ Oxidizing Fluidized Bed Reactor Performance And Controlling Of Fe3+ Recycle During Heap Bioleaching: An Artificial Neural Network-Based Model.", BIOPROCESS AND BIOSYSTEMS ENGINEERING, vol.31, pp.111-117 , 2008
• Şahinkaya E., Uzal N., Yetis U. , Dilek F.B. , "Biological Treatment And Nanofiltration Of Denimtextilewastewater For Reuse", Journal of Hazardous Materials, vol.153, pp.1142-1148, 2008
• Ö. Karahan, S. Dogruel, E. Dulekgurgen, D. Orhon (2008). “COD Fractionation of Tannery Wastewaters - Particle Size Distribution, Biodegradability and Modeling”, Water Research, 42(4-5): 1083-1092. DOI: 10.1016/j.watres.2007.10.001
• Cokgor EU, Karahan O, Orhon D, 2008, The effect of mixing pharmaceutical and tannery wastewaters on the biodegradation characteristics of the effluents, JOURNAL OF HAZARDOUS MATERIALS, 156, 1-3, 292-299.
• Okutman Tas, D., Pavlostathis, S.G. (2008) “Effect of Nitrate Reduction on the Microbial Reductive Transformation of Pentachloronitrobenzene”. Environ. Sci. Technol. 42, pp. 3234-3240.
• Marchant, R., Franzetti, A., Pavlostathis, S.G., Okutman Tas, D., Erdbrügger, I., Ünyayar, A., Banat, I.M. (2008) “Thermophilic Bacteria in Cool Temperate Soil Environments: Are They Metabolically Active or Continually Added by Global Atmospheric Transport?”. Applied Microbiol. Biotechnol., 78, pp. 841-852.
• Insel HG, Gorgun E, Artan N, Orhon D (2009) Model Based Optimization of Nitrogen Removal in a Full Scale Activated Sludge Plant, Environmental Engineering Science, 26 (3), 471-480.
• Sarioğlu, M, Insel G, Artan N, Orhon D (2009) Modeling Nitrogen Removal Performance of a Membrane Bioreactor Under Dissolved Oxygen Dynamics,  Environmental Engineering Science, 26 (5), 907-919. 
• Sarioğlu, M, Insel G, Artan N, Orhon D (2009) Model evaluation of simultaneous nitrification and denitrification in a membrane bioreactor operated without an anoxic reactor ,: Journal Of Membrane Science, 337 (1-2), 17-27.  
• Sarioglu M, Insel G, Artan N, Orhon D (2009) .Effect of biomass concentration on the performance and modeling of nitrogen removal for membrane bioreactors, Journal Of Environmental Science And Health Part A-Toxic/Hazardous Substances & Environmental Engineering, 44 (8),733-743.
• Guven, D., Kutlu, O, Insel, G., Sözen, S. (2009). Model-based Process Analysis of Partial Nitrification Efficiency under Dynamic Nitrogen Loading. Bioprocess and Biosystems Engineering, 32(5), 655-661.
• Guven, D., Karahan, O., Buyukgungor, H., Sozen, S. (2009). Storage phenomena in relation to carbon sources for denitrification. Desalination and Water Treatment. 8(1-3), 171-176.
• Cokgor, E.U., Sozen, S., Insel, G., Orhon, D. (2009). Respirometric evaluation of biodegradation characteristics of dairy wastewater for organic carbon removal. Environmental Technology, 30(11), 1169-1176.
• Gomec, C. Y., Eroglu V. and Wilderer, P. A. (2009). Identifying Aceticlastic and Hydrogenotrophic Methanogens I Psychrophilic and Mesophilic Granular Sludges Treating Synthetic Sewage by Means of FISH and CSLM. Journal of Rapid Methods and Automation in Microbiology, 17 (2), 135-153.
• Güven, D and I. Schmidt, "Specific activity and viability of Nitrosomonas europaea during discontinuous and continuous fermentation", Process Biochemistry, 44, 5, 516-520 (2009).
• Güven, D., Ö. Kutlu, G. İnsel, S. Sözen, “Model-based Process Analysis of Partial Nitrification Efficiency under Dynamic Nitrogen Loading”. Bioprocess and Biosystems Engineering, 32, 655-661, 5 (2009).
• Kara,S., Keskinler,B., and Erhan,E. 2009. A novel microbial BOD biosensor developed by the immobilization of P. Syringae in micro-cellular polymers, Journal of Chemical Technology and Biotechnology 84: 511-518.
• Dizge,N., Keskinler,B., and Tanriseven,A. 2009. Biodiesel production from canola oil by using lipase immobilized onto hydrophobic microporous styrene-divinylbenzene copolymer, Biochemical Engineering Journal 44: 220-225.
• Şahinkaya E., "Microbial Sulfate Reduction At Low (8 °C) Temperature Using Wastesludge As Acarbon And Seedsource ", International Biodeterioration & Biodegradation, vol.63, pp.245-251, 2009
• Şahinkaya E., "Biotreatment Of Zinc-Containing Wastewater In A Sulfidogenic Cstr: Performance And Artificial Neural Network (Ann) Modelling Studies", Journal of Hazardous Materials, vol.164, pp.105-113, 2009
• Bayrakdar A. , Şahinkaya E., Gungor M. , Uyanık S., Atasoy A.D. , "Performance Of Sulfidogenic Anaerobic Baffled Reactor (Abr) Treating Acidic And Zinc-Containing Wastewater", Bioresource Technology, vol.100, pp.4354-4360, 2009
• Orhon, D, Cokgor, EU, Insel, G, Karahan, O, Katipoglu, T, 2009,  Validity of Monod kinetics at different sludge ages – Peptone biodegradation under aerobic conditions, BIORESOURCE TECHNOLOGY, 100, 5678-5686.
• Okutman Tas, D., Karahan, Ö., Insel, G.,  Övez, S., Orhon, D.,  Spanjers, H. (2009) “Biodegradability and Denitrification Potential of Settleable COD in Domestic Wastewater”. Water Environment Research 81, pp. 715-727.
• Cokgor, E.U., Oktay S., Okutman Tas, D.,  Zengin, G.E., Orhon D. (2009) “Influence of pH and Temperature on Soluble Substrate Generation with Primary Sludge Fermentation” Bioresource Technol. 100, pp. 380-386.
• Pehlivanoglu-Mantas, E. and D.C. Ozturk, (2009). “Assessment of Aerobic and Anaerobic Stabilization for Biological Waste Sludges from Leather and Textile Industries”, Desalination and Water Treatment, 11 (1-3), 229-235.
• Bekmezci O.K., Ucar D., Kaksonen A.H., Şahinkaya E., "Sulfidogenic Biotreatment Of Synthetic Acid Mine Drainage And Sulfide Oxidation In Anaerobic Baffled Reactor", Journal of Hazardous Materials, vol.189, pp.670-676, 2010
• Şahinkaya E., Yücesoy Z., "Biotreatment Of Acidic Zinc- And Copper-Containing Wastewater Using Ethanol-Fed Sulfidogenic Anaerobic Baffled Reactor.", Bioprocess and Biosystems Engineering, vol.33, pp.989-997, 2010
• Şahinkaya E., Gungor M. , "Comparison Of Sulfidogenicup-Flow And Down-Flowfluidized-Bedreactors For The Biotreatment Of Acidicmetal-Containingwastewater", Bioresource Technology, vol.101, pp.9508-9514, 2010
• Hocaoglu SM, Insel G, Cokgor EU, Baban A, Orhon D, 2010, COD fractionation and biodegradation kinetics of segregated domestic wastewater: black and grey water fractions, JOURNAL OF CHEMICAL TECHNOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, 85(9), 1241-1249.
• Orhon D, Cokgor EU, Katipoglu T, Insel G, Karahan, O, 2010, Fate of 2,6-dihydroxybenzoic acid and its inhibitory impact on the biodegradation of peptone under aerobic conditions, BIORESOURCE TECHNOLOGY, 101, 2665-2671.
• Okutman Tas, D., Pavlostathis, S.G. (2010) “Microbial Transformation of Pentachloronitrobenzene under Nitrate Reducing Conditions”. Biodegradation, 21, 691–702.
• Okutman Tas, D. (2010) “Respirometric Assessment of Aerobic Sludge Stabilization”. Bioresource Technology 101, pp. 2592-2599.
• Okutman Tas, D., Prytula, M.T., Mulholland J.A., Pavlostathis, S.G. (2010) “Theoretical Investigation of the Sequential Reductive Dechlorination Pathways of Chlorobenzenes and Chloroanilines”. Biotechnol. and Bioengineering 105, pp. 574-587.
• Katipoglu T, Cokgor EU, Insel G, Orhon D, 2010, Response of mixed microbial culture to 2,6-dihydroxybenzoic acid and peptone mixture at low sludge age-effect of culture history, JOURNAL OF ENVIRONMENTAL SCIENCE AND HEALTH PART A-TOXIC/HAZARDOUS SUBSTANCES & ENVIRONMENTAL ENGINEERING,  45(7), 875-882.
• Ince, M et al. 2010. “Further treatment of landfill leachate by nanofiltration and microfiltration-PAC hybrid process.” Desalination 255(1-3): 52-60.
• Sarioğlu M, Insel G, Artan N, Orhon D (2011) Stoichiometric and kinetic evaluation of simultaneous nitrification and denitrification in a membrane bioreactor at steady state, JOURNAL OF CHEMICAL TECHNOLOGY AND BIOTECHNOLOGY: 86 (6), 798-811.
• Hanhan O, Insel G, Yagci NO, Artan N, Orhon D (2011) Mechanism and design of intermittent aeration activated sludge process for nitrogen removal, Journal Of Environmental Science And Health Part A-Toxic/Hazardous Substances & Environmental Engineering: 46 (1), 9-16.
• Dogruel S., Koktuna M., Ubay Cokgor E.,Sozen S., Orhon D. (2011). Particle size distribution based evaluation of biodegradation and treatability for leachate from organic waste. Journal of Chemical Technology and Biotechnology, 86, 1364–1373.
• M. Evren Ersahin, Cigdem Yangin Gomec, R. Kaan Dereli, Osman Arikan, Izzet Ozturk, "Biomethane Production as an Alternative Bio-Energy Source From Co-Digesters Treating Municipal Sludge and Organic Fraction of Municipal Solid Wastes", Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2011, Focus Issue on Biofuels (published online).
• Hanhan, O., Insel, G., Ozgur Yagci, N., Artan, N., Orhon, D. (2011). Mechanism and design of intermittent aeration activated sludge process for nitrogen removal. Journal of Environmental Science and Health, Part A: Toxic/Hazardous Substances and Environmental Engineering, 46(1), 9–16.
• Yagci, N., Akpinar, I. (2011). The investigation and assessment of characteristics of waste activated sludge after ultrasound pretreatment. Environmental Technology, 32(2), 221-230.
• Yagci, N., Dulekgurgen, E., Artan, N., Orhon, D. (2011). Experimental Evaluation and Model Assessment of Coexistence of PAO’s and GAO’s. Journal of Environmental Science and Health, Part A: Toxic/Hazardous Substances and Environmental Engineering. 46(9), 968-979.
• Basak, B., İnce, O., Artan, N., Yağcı, N. and Kasapgil İnce, B. (2011) Effect of nitrogen limitation on enrichment of activated sludge for PHA production. Bioprocess and Biosystems Engineering, 34, 1007–1016.
• G. E. Zengin, N. Artan, D. Orhon, H. Satoh, T. Mino (2011) Effect of aspartate and glutamate on the fate of enhanced biological phosphorus removal process and microbial community structure. Bioresource Technology, 102 (2), 894 - 903.
• E. Ubay Cokgor, D. Okutman Tas, G. E. Zengin, G. Insel (2011) Effect of stabilization on biomass activity, Journal of Biotechnology, 157, 547-553.
• Ozkok, I.P., Katipoglu Yazan, T., Ubay Cokgor, E., Insel, G., Talinli, I., Orhon, D. (2011). Respirometric Assessment of Substrate Binding by Antibiotics in Peptone Biodegradation, Journal of Environmantal Science and Health Part A, 46, 1588–1597.
• Ciggin, A.S., Pala, I., Katipoglu, T., Dulekgurgen, E.S., Meric, S., Orhon, D. (2011). Research Potential of Doctoral Studies on Environmental Sciences and Engineering, Desalination and Water Treatment, 26(1 – 3), 3 – 13.
• Yucel, Yasin et al. 2011. “Lipase immobilization and production of fatty acid methyl esters from canola oil using immobilized lipase.” Biomass & Bioenergy 35(4, Sp. Iss. SI): 1496-1501.
• Dizge, Nadir et al. 2011. “Influence of type and pore size of membranes on cross flow microfiltration of biological suspension.” Journal of Membrane Science 366(1-2): 278-285.
• Şahinkaya E., Hasar H., Kaksonen A.H. , Rittmann B.E. , "Performance Of A Sulfide-Oxidizing, Sulfur-Producing Membrane Biofilm Reaktor Treating Sulfide-Containing Bioreactor Effluent", Environmental Science and Technology, vol.45, pp.4080-4087, 2011
• Ucar D. , Bekmezci O.K., Kaksonen A.H. , Şahinkaya E., "Sequential Precipitation Of Cu And Fe Using A Three-Stage Sulfidogenic Fluidized-Bed Reactor System", Minerals Engineering, vol.24, pp.1100-1105, 2011
• Ozkok, IP, Yazan, TK, Cokgor, EU, Insel, G ; Talinli, I,  Orhon, D, 2011,  Respirometric assessment of substrate binding by antibiotics in peptone biodegradation, JOURNAL OF ENVIRONMENTAL SCIENCE AND HEALTH PART A-TOXIC/HAZARDOUS SUBSTANCES & ENVIRONMENTAL ENGINEERING,  46(13), 1588-1597,  DOI: 10.1080/10934529.2011.609442.
• Dogruel Serdar; Koktuna Merve; Cokgor Emine Ubay; Sozen S and Orhon D., 2011, Particle size distribution based evaluation of biodegradation and treatability for leachate from organic waste, JOURNAL OF CHEMICAL TECHNOLOGY AND BIOTECHNOLOGY  Volume: 86   Issue: 11   Pages: 1364-1373.  
• Cokgor EU, Insel G, Katipoglu T, Orhon D, 2011, Biodegradation kinetics of peptone and 2,6-dihydroxybenzoic acid by acclimated dual microbial culture, BIORESOURCE TECHNOLOGY, 102, 567–575.
• Olmez-Hanci T.; Arslan-Alaton I.; Orhon D.; Karahan O., Cokgor EU and Insel G., 2011, Is the naphthalene sulfonate H-acid biodegradable in mixed microbial cultures under aerobic conditions? BIORESOURCE TECHNOLOGY , 102   Issue: 10 Pages: 5589-5595.
• Orhon, D., Sozen, S. (2012). Fate and effect of xenobiotics on biodegradation processes: basis for respirometric appraisal. Environ Technol., 33 (13-15):1517-1522.
• Dogruel S., Ubay Cokgor E., Ince, O., Sozen S., Orhon D. (2012). Potential of ultrafiltration for organic matter removal in the polymer industry effluent based on particle size distribution analysis. Environ Sci Pollut Res., 19(1), 340-350.
• Teksoy Basaran, S., Aysel, M., Kurt, H., Ergal, I., Kumru, M., Akarsubasi, A., Sözen, S., Orhon, D. (2012). Removal of readily biodegradable substrate in super fast membrane bioreactor. Journal of Membrane Science, 423, 477-486.
• Dereli R. K., Yangin-Gomec C., Ozabali A., Ozturk I., "The Feasibility of a Centralized Biogas Plant Treating the Manure Produced by an Organised Animal Farmers Union in Turkey", Water Science and Technology, Vol. 66, No. 3, 2012, s. 556-563.
• Koroglu, S., Zengin, G.Z., Yagci, N. Artan, N. (2012) COD fractionation and denitrification potential of sonicated waste activated sludge liquids. Environmental Technology, 33 (13), 1505–1510.
• Pala-Ozkok, I, Rehman, A.,Yagci, N., Ubay-Cokgor, E., Jonas, D., Orhon, D. (2012) Characteristics of mixed microbial culture at different sludge ages: Effect on variable kinetics for substrate utilization. Bioresource Technology, 126, 274–282.
• Ubay Cokgor, E., Okutman Tas, D., Zengin, G.E., İnsel, G., “Effect of Stabilization on Biomass Activity”. (2012) Journal of Biotechnology, 157, 547–553.
• S. Koroglu, G. E. Zengin, N. Yagci, N. Artan (2012) COD Fractionation and Denitrification Potential of Sonicated Waste Activated Sludge Liquids, Environmental Technology, 33 (13), 1505-1510.
• Şahinkaya E., Altun M., Bektaş S., Komnitsas K. , "Bioreduction Of Cr(Vi) From Acidic Wastewaters In A Sulfidogenic Abr", Minerals Engineering, no.32, pp.38-44, 2012
• Şahinkaya E., Kılıç A., Altun M., Komnitsas K. , "Hexavalent Chromium Reduction In A Sulfur Reducing Packed-Bed Bioreactor", Journal of Hazardous Materials, pp.253-259, 2012
• Özkaya B., Çetinkaya Y., Çakmakcı M., Karadağ D., Şahinkaya E., "Electricity Generation From Young Landfill Leachate In A Microbial Fuel Cell With A New Electrode Material", Bioprocess and Biosystems Engineering, vol.15, pp.0-7, 2012
• T. Katipoglu-Yazan, E. Ubay Cokgor, G. İnsel, D. Orhon, 2012, "Is ammonification the rate limiting step for nitrification kinetics?", Bioresource Technology, No. 114,  117–125, DOI: 10.1016/j.biortech.2012.03.017.
• Insel, G., Yavasbay, A., Ozcan, O., Cokgor EU, 2012, Modeling of simultaneous growth and storage kinetics variation under unsteady feast conditions for aerobic heterotrophic biomass, BIOPROCESS AND BIOSYSTEMS ENGINEERING, 35(8), 1445-1454,   DOI: 10.1007/s00449-012-0733-1.
• Insel, G., Guder, B., Gunes, G., Cokgor EU., 2012, Are standard wastewater treatment plant design methods suitable for any municipal wastewater? WATER SCIENCE AND TECHNOLOGY, 66(2), 328-335,   DOI: 10.2166/wst.2012.176.
• Basak, Serden; Cokgor, Emine Ubay; Insel, Guclu; Orhon D, 2012, Acute effect of benzo[a]anthracene on the biodegradation of peptone under aerobic conditions, ENVIRONMENTAL SCIENCE AND POLLUTION RESEARCH, 19, 8, 3412-3420 , DOI: 10.1007/s11356-012-0866-4.
• Yangin-Gomec C., Ozturk I., "Effect of maize silage addition on biomethane recovery from mesophilic co-digestion of chicken and cattle manure to supress ammonia inhibition", Energy Conversion and Management, Vol. 71, 04/2013, s. 92-100, Elsevier.
• Teksoy Başaran, S., Aysel, M., Kurt, H., Ergal, İ., Akarsubaşı, A., Yağcı, N., Doğruel, S., Ubay Çokgör, E., Keskinler, B., Sözen, S., Orhon, D. (2013) Kinetic characterization of acetate utilization and response of microbial population in super fast membrane bioreactor, Journal of Membrane Science, 455, 392-404.
• G. Lofrano, S. Meriç, G. E. Zengin, D. Orhon (2013) Chemical and biological treatment technologies for leather tannery chemicals and wastewaters: A review, Science of the Total Environment, 461-462, 265-281.
• Pala-Ozkok, I., Orhon, D. (2013). Chronic effect of erythromycin on substrate biodegradation kinetics of activated sludge, Biochemical Engineering Journal, 81, 29 – 39.
• Pala-Ozkok, I., Ubay-Cokgor, E., Cakar, Z.P., Orhon, D. (2013). Acute impact of erythromycin on substrate utilization by activated sludge: Effect of sludge age, Journal of Chemical Technology and Biotechnology, DOI 10.1002/jctb.4208.
• Katipoglu-Yazan, T., Pala-Ozkok, I., Ubay-Cokgor, E., Orhon, D. (2013). Acute impact of erythromycin and tetracycline on the kinetics of nitrification and organic carbon removal in mixed microbial culture, Bioresource Technology, 144 , 410 – 419.
• Pala-Ozkok, I., Kor-Bicakci, G., Ural, A., Katipoglu-Yazan, T., Yagci N., Ubay-Cokgor, E., Orhon, D. (2013). Acute impact of sulfamethoxazole on the utilization of simple and complex substrates by fast growing microbial culture, Journal of Chemical Technology and Biotechnology, DOI 10.1002/jctb.4165.
• Pala-Ozkok, I., Rehman, A., Kor-Bicakci, G., Ural, A., Schilhabel, M., Ubay-Cokgor, E, Jonas, D., Orhon, D. (2013). Effect of sludge age on population dynamics and acetate utilization kinetics under aerobic conditions, Bioresource Technology, 143, 68 – 75.
• Şahinkaya E., Kilic A., Çalimlioğlu B., Toker Y., "Simultaneous Bioreduction Of Nitrate And Chromate Using Sulfur-Based Mixotrophic Denitrification Process", JOURNAL OF HAZARDOUS MATERIALS, vol.262, pp.234-239, 2013 (Abstract)
• Cırık K., Dursun N., Şahinkaya E., Çınar Ö., "Effect Of Electron Donor Source On The Treatment Of Cr(Vi)-Containing Textile Wastewater Using Sulfate-Reducing Fluidized Bed Reactors (Fbrs)", Bioresource Technology, vol.1, no.1, pp.1-7 (Baskıda), 2013 (Abstract)
• Altun M., Şahinkaya E., Durukan I., Bektaş S. , Komnitsas K., "Arsenic Removal In A Sulfidogenic Fixed-Bed Column Bioreactor", JOURNAL OF HAZARDOUS MATERIALS, vol.Baskıda, pp.1-7, 2013 (Abstract)
• Cibati A., Cheng K.Y., Morris C., Ginige M.P., Şahinkaya E., Pagnanelli F., Kaksonen A.H., "Selective Precipitation Of Metals From Synthetic Spent Refinery Catalyst Leach Liquor With Biogenic H2s Produced In A Lactate-Fed Anaerobic Baffled Reactor", Hydrometallurgy, vol.139, pp.154-161, 2013 (Abstract)
• Ozdemir S., Cırık K., Akman D., Şahinkaya E., Çınar Ö., "Treatment Of Azo Dye-Containing Synthetic Textile Dye Effluent Using Sulfidogenic Anaerobic Baffled Reactor", BIORESOURCE TECHNOLOGY, vol.146, pp.135-143, 2013 (Abstract)
• Şahinkaya E., Kılıç A., "Heterotrophic And Elemental-Sulfur-Based Autotrophic Denitrification Processes For Simultaneous Nitrate And Cr(Vi) Reduction", WATER RESEARCH, vol.Baskıda, pp.1-9, 2013 (Abstract)
• F. Sadrzadeh, E. Dulekgurgen (2013). “Improving the Settling Properties of Activated Sludge by Gradually Decreasing the Settling Time”, Desalination and Water Treatment, Accepted 7 April 2013, DOI: 10.1080/19443994.2013.795874 [Published Online on 14.04.2013].
• Uçışık-Akkaya E, Ercan O, Yesiladalı SK, Oztürk T, Cokgor EU, Orhon D, Tamerler C, Cakar Z.P, 2009, Enhanced polyhydroxyalkanoate production by Paracoccus pantotrophus from glucose and mixed substrate, FRESENIUS ENVIRONMENTAL BULLETIN, 18(11), 2013-2022.
• Hong J., Tezel U., Okutman Tas D., Pavlostathis S.G. (2013) "Influence of Quaternary Ammonium Compounds on the Microbial Reductive Dechlorination of Pentachloroaniline", Water Research, 47, 6780-6789.
• Katipoglu-Yazan, T, Pala-Ozkok, I, Ubay-Cokgor, E , Orhon, D, 2013, Acute impact of erythromycin and tetracycline on the kinetics of nitrification and organic carbon removal in mixed microbial culture, BIORESOURCE TECHNOLOGY, 144, 410-419,  DOI: 10.1016/j.biortech.2013.06.121.
• Sözen, S., Çokgör, E.U., Teksoy Basaran, S., Aysel, M., Akarsubasi, A., Ergal, I., Kurt, H., Pala Ozkok, I., Orhon, D. (2014). Effect of high loading on substrate utilization kinetics and microbial community structure in super fast submerged membrane bioreactor. Bioresource Technology, in press.
• Jaxybayeva A., Yangin-Gomec C., Cetecioglu Z., Ozbayram E. G., Yilmaz F., İnce O., "Biogas recovery from diluted poultry manure and microbial consortium inside Anaerobic Sludge Bed Reactor operated at sub-mesophilic conditions", Applied Energy, 2014, Elsevier, (submitted).
• Topuz, E., Aydin, E., Pehlivanoglu-Mantas, E., Tas, D.O, (2014) “Optimization of diclofenac quantification from wastewater treatment plant sludge by ultrasonication assisted extraction”. Journal of Chromatography B, DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.jchromb.2014.02.047
• Ubay Cokgor, E. Aydinli E., Okutman Tas, D., Zengin G.E., Orhon, D. (2014) “Impact of Aerobic Stabilization on the Characteristics of Treatment Sludge in the Leather Tanning Industry” Environmental Technology 35 (6) 719-726.
• Okutman Tas, D., Pavlostathis S.G. (2014) “Occurrence, Toxicity and Biotransformation of Pentachloronitrobenzene and Chloroanilines”. Critical Reviews in Environmental Science and Technology DOI:10.1080/10643389.2012.728809
• Topuz E., Sarı S., Özdemir G., Aydin E., Pehlivanoglu-Mantas E., Okutman Tas D.  (2014) “Optimization of Ultrasonic Assisted Diclofenac Extraction from Wastewater Treatment Plant Sludge” Journal of Chromataography B, 958, 48-54.
• Sari S., Ozdemir G., Yangin-Gomec C., Zengin G.E., Topuz E., Aydin E., Pehlivanoglu-Mantas E., Okutman Tas D. (2014) “Seasonal Variation of Diclofenac Concentration and its Relation with Wastewater Characteristics at two Municipal Wastewater Treatment Plants in Turkey” Journal of Hazardous Material, 272, 155–164.