ÇALIŞMA KONULARI

İTÜ HESAPLAMALI KİMYA VE BİYOLOJİ GRUBUnda çalışılan konu başlışlıkları:
Malzeme Modelleme, Biyomoleküler Simulasyonlar, Tepkime Mekanizmalarının Modellenmesi, Kuantum Mekanik Hesaplamalar, İstatistik Mekanik Hesaplamalar



Polimer kil ara yüzeyinden bir kesit:
Moleküler Dinamik Simulasyon çalışmaları

ARAŞTIRMACILAR

 

 

Yüksek Lisans ve
Doktora Öğrencileri

 

 

 

Statüsü

 

 

 

Çalışma Konusu

Ar. Gör. Berkay Sütay

Doktora Öğrencisi

Grafenlerin yüzey etkileşimleri için kuvvet alanı geliştirilmesi

 

Ar. Gör. Barış Demir

Doktora Öğrencisi

MOF kristallerinin karbondioksit tutum performanslarının moleküler simülasyon ile tayini

 

Ar. Gör. Sadiye Velioğlu

Doktora Öğrencisi

Polimerik gaz ayırma membranlarının yapı-performans ilişkilerinin moleküler simülasyon yöntemleri ile incelenmesi

 

Ar. Gör. Banu Taktak Karaca

Doktora Öğrencisi

Anorganik yüzeylere bağlanan peptidler kullanarak yeni fotoreseptör tasarımı, hesapsal modellenmesi, sentezlenmesi ve uygulamaları

 

Ar. Gör. Hatice Gökcan

Doktora Öğrencisi

PLP Bağımlı Enzimlerin Tepkimelerinin Modellenmesi için Yeni Yöntemlerin Tasarlanması

 

Ar. Gör. Esra Boz

Doktora Öğrencisi

Rh katalizörlü azid-alkin siklokatılma tepkimelerinin modellenmesi

 

Müh. Mustafa Çoban

Doktora Öğrencisi

Asimetrik Kinugasa Tepkimelerinin Modellenmesi

 

Gülşah Kapusuz

Doktora Öğrencisi

Kopolimer morfolojilerinin daha hassas incelenebilmesine olanak sağlayacak kaba taneleme yöntemlerinin geliştirilmesi

 

Dilek Okuş

Doktora Öğrencisi

Rh Katalizörlü [5+2] Siklokatılma ve Claisen Düzenlenmesi ile Çeşitli Bisiklik Yapıların Sentez Mekanizmalarının Modellenmesi

 

Gülru Kayık

Doktora Öğrencisi

Çeşitli metakrilatların radikal polimerizasyonlarında sindiotaktisitenin modellenmesi.

 

Ramin Ekhteiari Salmas

Doktora Öğrencisi

 Biyosimulasyonlar

 

Deniz Karasu

Doktora Öğrencisi

Endüstriyel öneme sahip bir protein üzerinde moleküler dinamik simülasyonları

 

Ar. Gör. Erdem Çiçek

YL Öğrencisi

Dopa Dekarbosilaz Enziminin Yan Tepkimelerinin Modellenmesi

 

 Belkıs Emanet

YL Öğrencisi

Poliüre ve poliüretan bazlı sensörlerin optik özelliklerinin Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi ile incelenmesi

 

Pınar Haşlak

YL Öğrencisi

Rh(I) Katalizörlüğünde Floroalkilli Olefinlerin Enantiyoseçici Konjuge Katılma Reaksiyonları Üzerine Hesapsal Bir Çalışma

 

Birgül Sağlam

YL Öğrencisi

Yapay Tatlandırıcı Moleküllerin Su ve Siklodekstrin Kompleksleri ile Etkileşimlerinin Yapı-Tat İlişkisi Açısından NMR Spektroskopisi ve Hesaplamalı Kimya Yöntemleri ile İncelenmesi

 

Gamze Karagaçtı

YL Öğrencisi

Oksim ve Enaminlerin (3+2) Siklo Katılması ile Gerçekleştirilen Pirol Sentezinin Modellenmesi

 

Kamal Porhonar

YL Öğrencisi

Polimerik yüzeylerde protein adsorpsiyonunun moleküler simülasyon yöntemleri ile incelenmesi

 

Marcel Balçık

YL Öğrencisi

Karışık matrsili membranlarının gaz ayırma performanslarnın

 

Erhan Özdamar

YL Öğrencisi

Fet3p proteininin hesapsal modellenmesi

 

Ayla Başaran Kınalı

YL Öğrencisi

Peptid nükleik asitlerin yapı ve DNA'ya akınlarına akridin türevlerinin etkilerinin modellenmesi

 

Artür Manukyan

YL Öğrencisi

DNA bazlarında moleküller arası etkileşimler

 

Engin Aybey

YL Öğrencisi

Metal Amin Tuzlarında Tersinir Ve Yüksek Yoğunlukta Hidrojen Depolama

 

Yusuf Kışlak

YL Öğrencisi

Amin Metal Bor Hidrürlerin Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi Ile Tasarımı

 

İçerik hazırlanmaktadır.

 

Mevcut İmkanlar

DONANIM OLANAKLARI

 

 

4 adet 4 çekirdekli (Intel Xeon) sunucu (M. Yurtsever Lab)

 

IBM X-serisi x3755M3 48 çekirdekli raf sunucu (N.Ş. Tüzün Lab)

 

IBM X-serisi x3755M3 64 çekirdekli raf sunucu (N.Ş. Tüzün Lab)

 

4 adet 8 çekirdekli (Intel Xeon ) sunucu (M.G. Ahunbay Lab)

 

2 adet HP Z800 (Intel Xeon X5680 2*6C) iş istasyonu (B. Balta Lab)

 

2 adet IBM M3 (Intel Xeon) iş istasyonu (A. Tekin Lab)

 

HP DL380G7 Intel Xeon X5680 2x6 çekirdekli raf sunucu (Ö. K. Levitas Lab)

 

2 adet Dell PowerEdge R715 32 çekirdekli raf sunucu (F. A. Sungur Lab)

 

YAZILIM OLANAKLARI (İTÜ Lisanslı)

 

 

Materials Studio (Tek kullanıcı için)

Malzeme Modelleme

 

 MOLPRO

Kuantum Mekanik Hesapları

 

 Gaussian 09

Kuantum Mekanik Hesapları

 

TURBOMOLE

Kuantum Mekanik Hesapları

 

GaussView

Görselleştirme

 

Amber11

Moleküler Dinamik Simülasyonları

 

İçerik hazırlanmaktadır.

Yürütülen Projeler

‘Lipid Membranlarda Faz Geçişlerine Safsızlıkların Etkisinin Moleküler Dinamik Simülasyonu ile İncelenmesi',İTÜ-BAP projesi, 1998-2000, Bütçe: 5000 TL

 

HeLi2 ve HeLi2+ sistemleri için potansiyel enerji yüzeylerinin ab-initio kuantum mekanik yöntemler kullanılarak çok hassas olarak hesaplanması ’, İTÜ-BAP projesi,  2000 -2002 Bütçe:15000 TL

 

Polietilen Aşı Kopolimerlerinin Polietilen/Kil Nanokompozitlerinin Mikro Yapısına Ve Mekanik Özelliklerine Etkisinin Deneysel Ve Teorik Olarak İncelenmesi', Tübitak Proje no: 105M049 ,2005-2007 Bütçe:274300 TL

 

1,8-Diketonlardan Ethylenedioxytiyofen (EDOT) ve Dithienotiyofen (DTT) Analoglarının Sentezlenmeleri ,  Reaksiyon Mekanizmasının ve Optik Özelliklerinin Teorik Olarak İncelenmesi’,  İTÜ-BAP projesi, 2004-2006 Bütçe: 55000 TL

 

Bazı Potansiyel Süperiletken TTF Türevi Bileşiklerin Sentezlenmesi, 1,8-Diketonlardan Halkalaşma Reaksiyon Mekanizmasının Ve Süper İletkenlik Özelliklerinin Teorik Olarak İncelenmesi’ Tübitak Proje no: 105T395, 2006-2008, Bütçe: 153000 TL

 

Poliparafenilen Bazlı Çeşitli  Polimerik Nanokompozit Malzemenin Mikroyapısal Özellikleriyle  Morfolojik, Mekanik,             Elektronik Ve Optik Özellikleri Arasındaki İlişkilerin Kuantum Mekanik ve İstatistik Mekanik Yöntemlerle  İncelenmesi' Tübitak Proje No:107T043, 2008-2010, Bütçe: 136000 TL

 

Antibakteriyel Gümüş Zeolit-Polimer Kompozitlerin Moleküler Modelleme ve Simülasyon Yöntemleriyle Tasarımı 7. Tübitak Proje No:110M086, 2010-2012, 94280 TL

 

Segmentli Termoplastik Blok Kopolimerlerin Nano, Mezo, Mikro Ölçekte Modellenmesi ve Özelliklerinin Simulasyon Yöntemleri ile İncelenmesi Tübitak Proje No:110T213 2010-2012, Bütçe: 113700 TL

 

Azit Ve Alkinlerin Geçiş Metali Katalizörlü 1,3-Dipolar Siklokatılma Tepkime Mekanizmalarının Kuantum Kimyasal Metodlarla İncelenmesi Tübitak Proje No:109T2513 2009-2011, Bütçe: 74.340 TL

 

Doymamiş Siklik Asetal Ve Ketallerin Karbenlerle Tepkimesindeki Ürünlerin Dağilimini Ve Oksonyum/Karbonyum Ylidlerin Oluşumunu Etkileyen Faktörler Üzerine Hesapsal Bir Çalişma Tübitak Proje No:104T403 ,  2005-2008 Proje Bütçesi:33.100 TL

 

a,b-Konjuge Keton, Aldehit ve Esterlerden Elde Edilen Karbonil Yilidlerinin Mekanistik Davranışları: Hesapsal Bir Yaklaşım
İTÜ-BAP Genç Araştırıcıları Destekleme Programı Proje No: 30631 2003-2006 Proje Bütçesi:6600 TL

 

Oksonyum/Karbonyum Ylidlerin Oluşumunu Etkileyen Faktörler Üzerine Hesapsal Bir Çalışma
İTÜ-Bilimsel Araştırma Projeleri Proje No: 31376, 2005-2007, Proje Bütçesi: 11000 TL

 

Organik Bileşiklerin Nanogözenekli Organik ve İnorganik Membranlarda Adsorpsiyonunun Moleküler Düzeyde Modellenmesi, Tübitak Proje No: 106M339, 2007-2010, Proje Bütçesi: 161858 TL

 

Karadeniz Sahilindeki Turistik ve Diğer Küçük İşletmelerdeki Atıksu Arıtma Sistemleri için İleri Malzemeler (BS-ERA.NET), Tübitak Proje No: 111M800, 2011-2014, Proje Bütçesi: 108000 TL

 

Uçucu Organik Bileşiklerin Zeolitlere Difüzyonunun Moleküler Simülasyonu, İTÜ Bilimsel Araştırma Projesi, Proje No: 31825,  2006-2008, , Proje Bütçesi: 12000 TL

 

Canlılarda Metal İyonlarının Taşınım Süreçlerinin ve Metal İyonlarına Direncin Moleküler Mekanizmalarının Saccharomyces cerevisiae Mayası Model Organizma Olarak Kullanılarak Deneysel ve Hesapsal Olarak İncelenmesi (Prof. Z. Petek Çakar ile beraber), TÜBİTAK Proje No: 109T638, 2010-2012, Proje Bütçesi: 245680 TL

 

Protein mühendisliği yöntemleri ve hesapsal yöntemler kullanılarak Hsp70 ısı şok proteininde substrat bağlanmasıyla tetiklenen allosterik sinyal mekanizmasının araştırılması (Yard. Doç. Gizem Dinler Doğanay ile beraber), TÜBİTAK Proje No: 110T434, 2010-2012, Proje Bütçesi: 175350 TL

 

DNA bazlarında moleküller arası etkileşimler, TÜBİTAK Proje No: 110T805, 2011-2013, Proje Bütçesi: 89000 TL

 

Protein yapılarında işlevsel bölgelerin arasındaki haberleşme yollarının elastik ağyapı yaklaşımıyla belirlenmesi, İTÜ Bilimsel Araştırma Projesi, Proje No: 36110, 2012-2013, Proje Bütçesi: 24000 TL

 

Computational Science and Engineering Program  :  A Centre of Excellence for   Industrial Innovation TÜBİTAK-105E067  2005-2008, Proje Bütçesi :418000 TL

 

“Gamma Aminobütirikasit Aminotransferaz (Gaba-At) Enziminin Vigabatrin ile  Etkisizleştirilme Mekanizması: Hesapsal Bir Çalışma” Tübitak PROJE NO:  108T344 ,2008-2010, Proje Bütçesi: 55000

 

“Asimetrik Kinugasa Tepkime Mekanizmasının Modellenmesi”  İTÜ Bilimsel Araştırma Projesi, 2012-2013, Proje Bütçesi: 30000 TL

 

İçerik hazırlanmaktadır.

Yayınlar (İTÜ adresli)

Baris Demir, Ramin Ekhteiari Salmas, Erol Yıldırım , Ahmet Sirkecioğlu, Mine Yurtsever, Goktug Ahunbay, "Ag-Na Ion Exchange Dynamics in LTA Zeolites ", submitted to Journal of Physical Chemistry-C , submitted (2012).

 

Baris Demir, Ramin Ekhteiari Salmas, Goktug Ahunbay, Mine Yurtsever, " Monte Carlo Simulations of HCN Adsorption in LTA Zeolites", submitted (2012).

 

Erol Yıldırım, Mehmet A Celik, Mine Yurtsever, Turan Ozturk," Substituent effect on electronic properties of BEDT-TTF derivatives: A DFT study"", submitted to Journal of Physics and Chemistry of Solids,submitted (2012).

 

Erol Yıldırım, Gökhan Erciyeş, Mine Yurtsever, " Multi-Scale Modeling Studies on the Electronic, Structural and Morphological Properties of Poly (ε-caprolactone) Grafted Polypyrroles ", Macromolecular Research, in press (2012).

 

Erol Yıldırım, Mine Yurtsever, " Theoretical Study on the Morphological Properties of Pyrrole and Phenylene diblock copolymers ", Journal of Computational and Theoretical Chemistry, in press.(2012).

 

 Esra  Kasapbaşı, Mine Yurtsever, " A DFT study on the optical properties and Na+ binding energies of some crown ether derivatives ", Journal of Molecular Modeling, in press.(2012).

 

 Erol Yıldırım, Mine Yurtsever, " A Comparative study on the efficiencies of polyethylene compatibilizers by using theoretical methods ", Journal of Polymer Research, 19,2, 9771-9782  (2012).

 

 Berkay Sütay, Adem Tekin, Mine Yurtsever, " Intermolecular Interactions in Nitrogen containing Aromatic Systems: Pyrazine and 1,3,5-triazine dimers "  , Theor. Chem. Acc., 131 (2), 1120-1132 (2012).

 

 Erol Yıldırım, Mine Yurtsever, Ersin Yurtsever, İskender Yılgör, Emel Yılgör   " Multiscale modeling of the morphology and properties of segmented silicone-urea copolymers ", Journal of Inorganic and Organometallic Polymers and Materials, 22(3), 604-616 (2012).

 

Esra Kasapbaşı, Mine Yurtsever, " A DFT study on the structural and optical properties and cation selectivities of some metal-coumarin-crown ether complexes "  , Tr. J. Chem., 36, 147-158 (2012).

 

 Cihan Özen, Mine Yurtsever and Turan Öztürk, “ A Theoretical Approach To The Formation Mechanism Of Diphenyldithieno[3,2-B;2′,3′-D]Thiophenes: A DFT Study ”, Tetrahedron, 67, 6275-6280 (2011).

 

 Erol Yıldırım, Mine Yurtsever, Burcu Kenarlı, A.Levent Demirel, " Dissipative Particle Dynamics Study on the Microphase Separation of Phenylene Oligomers with polymeric side chains", Macromolecular Theory and Simulations, 20,5,340-349 (2011).

 

 Erol Yıldırım, Duygu Aksoy, Nurcan Tüzün, Mine Yurtsever, ‘A QSPR Study on the Physical Properties of Substituted Polypyrroles and Poly(paraphenylene)s’, Designed Monomers and Polymers, 14,1,79-93 (2011).

 

Meral Uğuz Arı, Göktuğ Ahunbay, Mine Yurtsever, Ayşe Erdem Şenatalar, ‘ Molecular Dynamics Simulation of Water Diffusion in Pure and MFI-Type Zeolites ’, J. Phys. Chem. B., 113, 8073-8079 (2009).

 

Yingjian Xu, Mehmet Ali Celik, Amber L. Thompson, Hairong Cai, Mine Yurtsever, Barbara Odell, Jennifer C. Green, D. Michael P. Mingos, John M. Brown, ‘Tetrameric Iridium Hydride-rich Clusters formed under Hydrogenation Conditions’, Angewandte Chemie, Int. Ed., 48(3),582-585 (2009).

 

 E. Coccia, E. Bodo, F.A. Gianturco, E. Yurtsever, M. Yurtsever, E. Yıldırım, ‘Quantum Structuring of  4He Atoms Around Ionic Dopants: Energetics of Li+, Na+ And K+  From Stochastic Calculations’, WSPC Proceedings (2007).

 

 Mehmet Ali Çelik, Mine Yurtsever, Nurcan Tüzün, Füsün Şeyma Güngör, Özkan Sezer, Olcay Anaç, ‘Metal-Catalyzed Cyclization Reactions of  Carbonyl Ylides: Synthesis and DFT Study of Mechanisms ’, Organometallics, 26, 2978-2985 (2007).

 

E. Coccia, E. Bodo, F. Marinetti, F.A. Gianturco, E. Yıldırım, M. Yurtsever, E. Yurtsever, ‘ Bosonic Helium Droplets with Cationic Impurities: Onset of electrostriction and Snowball effects from Quantum Calculations ’, JCP,126(12),124319-1-8 (2007).

 

Nihan Yonet, Niyazi Bıçak, Mine Yurtsever, Yusuf Yağcı , ‘Spectroscopic and Theoretical Investigation of Capillary Induced Keto-Enol Tautomerizm of Phenacyl Benzoylpyridinium Type Photoinitiators’, Polymer International, 56,4,525-531 (2007).

 

F. Marinetti, E. Coccia, E. Bodo, F. A. Gianturco,  E. Yurtsever, M. Yurtsever, E. Yıldırım, ‘Bosonic Helium Clusters Doped By Alkali Cations: Interaction Forces and Analysis of Their Most Stable Structures’, Theoretical Chemistry Acccounts, 118, 1, 53-65 (2007).

 

E.Yurtsever, E.Yıldırım, M.Yurtsever, E.Bodo, F.A.Gianturco, ‘Solvation of K+ in Helium droplets’, Eur. Phys. J. D, 43, 1-3, 105-108 (2007).

 

F. Sebastianelli, I. Baccarelli, E. Bodo, C. D. Paola, F.A. Gianturco  and M.Yurtsever, ‘Microsolvation of Li+ in Bosonic Helium Clusters. I: Many-Body Effects on the Structures of the Small Aggregates’, Computational Materials Science, Vol.35, Iss.3, 261-267 (2006).

 

 E. Bodo, E. Yurtsever, M. Yurtsever, F.A. Gianturco, ‘ Ionic dimers in He droplets: Interaction potentials for Li2+ -He , Na2+ -He and  K2+ -He and stability of the smaller clusters’, JCP, 124, 074320 1-13 (2006).

 

 E.Bodo, F.A..Gianturco, E.Yurtsever and M. Yurtsever, “ Neutral and ionic dopants in helium clusters: Interaction forces for the Li2(a3∑u+)-He and Li2+(X2∑u+)-He complexes ”, Mol. Phys., 103, 24, 3223-3231 (2005). rs Doped By Alkali Cations: Interaction Forces and Analysis of Their Most Stable Structures’, Theoretical Chemistry Acccounts, 118, 1, 53-65 (2007).

 

C. Di Paola, F. Sebastianelli, E. Bodo,  I. Baccarelli, F.A. Gianturco and M. Yurtsever, ‘ Microsolvation of Li+ in Small He Clusters. Li+Hen Species From Classical and Quantum Calculations ’, J. Chemical Theory & Computation, Vol.1, No.5, 1045-1054 (2005).

 

Mine Yurtsever, Ersin Yurtsever, ‘Density Functional Theory Study of the Electrochemical Oligomerization of Thiophene: Transition States for Radical-Radical and Radical-Neutral Pathways’, Polymer, 45, 9039-9045 (2004).

 

E. Bodo, F.A. Gianturco, F. Sebastianelli, E.Yurtsever,M.Yurtsever, ‘Rotational  cooling of Li2 (1Sg+ ) molecules by ultracold collisions with a helium gas buffer ’, Correction, Theor. Chem. Acc., 113 (2), 132 (2005).

 

 E. Bodo, F.A. Gianturco, F. Sebastianelli, E.Yurtsever, M.Yurtsever, ‘Rotational cooling of Li2 (1Sg+ ) molecules by ultracold collisions with a helium gas buffer ’, Theor. Chem. Acc., 112, 4, 263 (2004). 

 

 E. Bodo, F. Sebastianelli, F.A. Gianturco, E.Yurtsever, M.Yurtsever, ‘ Ab initio quantum dynamics with very weak van der Waals interactions : Structure and stability of small Li2( 1Sg+ )  – ( He )n clusters’, J.Chem.Phys., 120,19, 9160-9166 (2004).

 

M.  Yurtsever, G. Sönmez, A.S. Saraç, ‘ Time dependent Density Functional Theory Calculations for the Electronic Excitations of Pyrrole-Acrylamide Copolymers’, Synthetic Metals,135 (1-3) , 463-464 (2003).

 

 M. Yurtsever, Ersin Yurtsever, ‘ A DFT Study of Polymerization Mechanisms of Indole ’, Polymer, 43 (22), 6019-6025 (2002).

 

A. Tekin, M. Yurtsever , ‘Molecular Dynamics Simulation of Phase Transitions in Binary LJ Clusters’, Turk. J. Chem., 26 (5) , 627-639 (2002).

 

 A. Tekin, M. Yurtsever, Y. Yağcı, ‘ Structural Effects in the Addition-Fragmentation Reaction of Allylic Onium Salts ’, Macromol.Theor. Simul., 11 (7), 766-769 (2002).

 

M. Yurtsever, ‘ Molecular Dynamics Simulation of Model Lipid Membranes: Structural Effects of Impurities’, Molecular Simulation, 27, 3, 187 (2001).

 

M. Yurtsever, E. Yurtsever, ‘Electronic Excitations in Stacked Oligothiophenes ’, Synthetic Metals, 119, 247-248 (2001).

 

M.Yurtsever and E.Yurtsever, ‘Structural Defects in Polythiophenes: Monte Carlo Simulations with Quantum Mechanical Growth Probabilities’, Journal of Physical Chemistry (JPC), 104, 362-369 (2000).

 

 Ö. Geban, H. Ertepınar, M. Yurtsever, S. Özden, F. Gümüş, ’ QSAR Study on Antibacterial and Antifungal Activities of some 3,4-disubstituted-1,2,4-oxa(thia)-diazole-5(4H)-ones(thiones) Using Physicochemical, Quantumchemical and Structural Parameters’, European Journal of Medicinal Chemistry, 34,9,753-758 (1999).

 

 E.Yurtsever, M.Yurtsever, ‘A Theoretical Study of Structural Defects in Conjugated Polymers’, Synthetic Metals, 101,1-3, 335-336 (1999).

 

 Mine Yurtsever ve Levent Toppare, ‘Theoretical Investigation of Block Copolymerization of  tetrahydrofuran and pyrrole’, Polymer, 40,19, 5459-5463 (1999).

 

Mine Yurtsever, Belkıs Ustamehmetoğlu, A.Sezai Saraç and A. Mannschreck, ‘A Quantum Mechanical Approach to Electrochemical Behaviour of Spirochromics’, International Journal of Quantum Chemistry (IJQC), 75,2,111-117 (1999).

 

Ersin Yurtsever, Okan esentürk, H.Önder Pamuk and Mine Yurtsever, ‘Structural Studies of Polypyrroles.II: A Monte Carlo Growth Approach to the Branch Formation”, Synthetic Metals,98, 229-236 (1999).

 

 Mine Yurtsever and Ersin Yurtsever,’Structural Studies of Polypyrroles.I: An ab-initio evaluation of bonding through a and b carbons’, Synthetic Metals,98, 221-227 (1999).

 

 Mine Yurtsever, Levent Toppare and Yusuf Yağcı, ’ A Theoretical Approach to the Polymerization of N-pyrrolyl ethyl vinyl ether’ , Journal of Molecular Structure (Theochem), 430,171-176 (1998).

 

Mine Yurtsever and Ersin Yurtsever, ‘Dimerization of Pyrrole’, Tr. J. of Chemistry, 22 , 1, 87-90 (1998).

 

Boz E. Tüzün, N. Ş. "Reaction Mechanism of Ruthenium-Catalyzed Azide-Alkyne Cycloaddition Reaction: A DFT Study", Journal of Organometallic Chemistry, 724, 167, 2013

 

Özen C., Tüzün, N. Ş.; “The mechanism of copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition reaction: A quantum mechanical investigation”, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 34, 101 (2012).

 

Özen, C., Konuklar F. A. S., Tüzün, N. Ş., “Mechanistic Study on [3+2] Cycloaddition and Cyclopropanation Reactions of 1,3-Dioxepine Derivatives in the Presence of Copper(I) Catalyst”, Organometallics, 28, 4964 (2009) 

 

Uğur, İ., De Vleeschouwer F., Tüzün, N. Ş., Aviyente, V., Geerlings P., Liu, S., Ayers, P. W., De Proft, F., “Cyclopolymerization Reactions of Diallyl Monomers: Exploring Electronic and Steric Effects Using DFT Reactivity Indices”, Journal of Physical Chemistry A, 113, 8704 (2009).  

 

Özen, C., Tüzün, N., “A DFT Study on the Mechanism of Cyclopropanation via Cu(acac)2-Catalyzed Diazo Ester Decomposition”, Organometallics, 27, 18, 4610 (2008).

 

Tüzün, N. Ş., F. Bayata, ve A S. Saraç, “An Experimental and Quantum Mechanical Study on Electrochemical Properties of N-substituted Pyrroles”, J. Mol. Struc-Theochem., 857, 95, 2008

 

Tüzün, N. Ş., V. Aviyente, “Modeling the Cyclopolymerization of Diallyl Ether and Methyl alpha-Allyloxy) Methyl]Acrylate”, Int. J. Quantum Chem, 107, 894 (2007).

 

Öztürk, C., K. Topal, N. Ş. Tüzün, V. Aviyente, E. Sanchez ve S. Arseniyadis, “Modeling the Effect of Substitution on The Pb(Oac)4 Mediated Oxidative Cleavage Of Steroidal 1,2-Diols”, J. Org. Chem., 70, 7080 (2005).

 

 Ungerer P., Nieto-Draghi C., Rousseau B., Ahunbay G., Lachet V. "Molecular Simulatıon of the Thermophysical Properties of Fluids: From Understanding Toward Quantitative Predictions", Journal of Molecular Liquids, 134 (1-3): 71-89 Sp. Iss.  SI, 2007.

 

Ahunbay, M. G., "Molecular simulation of adsorption and diffusion of chlorinated alkenes in ZSM-5 zeolites", Journal of Chemical Physics, 127, 044707, 2007.

 

Ahunbay, M. G., Karvan, O., Erdem-Senatalar, A, "MTBE adsorption and diffusion  in silicalite-1", Microporous and Mesoporous Materials, 11 (1-2), 93-97, 2008.

 

Ahunbay, M. G., " Monte Carlo Simulation of Water Adsorption in Hydrophobic MFI Zeolites with Hydrophilic Sites”, Langmuir, 27, 4986–4993, 2011.

 

Velioglu S., Ahunbay, M. G., Tantekin-Ersolmaz S.B. “Investigation of CO2-induced Plasticization in Fluorinated Polyimide Membranes via Molecular Simulation”, Journal of Membrane Science, 417-418, 217-227, 2012.

 

Panos, M.; Sen, T.; Ahunbay, M. G., Molecular Simulation of Fibronectin Adsorption onto Polyurethane Surfaces, Langmuir, 28 (34), 12619–12628, 2012.

 

Güvenç, E.; Ahunbay, M. G. “Adsorption of Methyl Tertiary Butyl Ether and Trichloroethylene in MFI-Type Zeolites”, J. Phys. Chem. C, doi: 10.1021/jp3067052+B154

 

R. Caputo, A. Kupczak, W. Sikora, A.Tekin, "Ab-initio crystal structure prediction by combining symmetry analysis representations and total energy calculations. An insight into the structure of Mg(BH4)2", Phys. Chem. Chem. Phys., doi: 10.1039/c2cp43090h.

 

M. Boning, B. Stuhlmann, G. Engler, M. Busker, T. Haber, A. Tekin, G. Jansen, K. Kleinermanns, "Towards a spectroscopical and theoretical identification of the isolated building-blocks of the benzene-acetylene cocrystal", Chem. Phys. Chem., doi: 10.1002/cphc.201200701.

 

R. Cputo, A. Tekin, "Lithium dihydroborate. First-principles structure prediction of LiBH2", Inorg. Chem. 51 (2012) 9757.

 

C. Leforestier, A. Tekin, G. Jansen, M. Herman, "First principles potential for the acetylene dimer and refinement by fitting to experiments", J. Chem. Phys. 135 (2011) 234306.

 

A. J. Churchard et al. "A multifaced approach to hydrogen storage", Phys. Chem. Chem. Phys., 13 (2011) 16955.

 

A. D. Boese, H. Forbert, M. Masia, A. Tekin, D. Marx, G. Jansen, "Constructing simple yet accurate potentials for describing the solvation of HCl/Water clusters in bulk helium and nanodroplets", Phys. Chem. Chem. Phys., 13 (2011) 14550.

 

R. Caputo, A. Tekin, "Ab-initio crystal structure prediction. A case study: NaBH4", J. Solid State Chem., 184 (2011) 1622.

 

A. Tekin, R. Caputo, A. Züttel, "First-principles determination of the ground-state structure of LiBH4", Phys. Rev. Lett. 104 (2010) 215501.

 

O. Kurkcuoglu, P. Doruker, "Coarse-graining the nano-machine ribosome to elucidate its functional dynamics", book chapter in "Ribosomes: Molecular Structure, Role in Biological Functions and Implications for Genetic Diseases", Nova Science Publishers, Inc. (in press).

 

F. A. S. Konuklar, V. Aviyente, and T. Haliloglu,"Coupling of Structural Fluctuations to Deamidation Reaction in Triosephosphate Isomerase by Gaussian Network Model",PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics (ISI) , 715-727 pp., 2006 ,

 

Mustafa Çoban, F. Aylin S. Konuklar , "A computational study on the mechanism and the kinetics of urethane formation", Computational and Theoretical Chemistry (ISI) , 168-175 pp., 2011

 

A.T. Durak, H. Gökcan, F.A.S. Konuklar, " Theoretical Studies On The Inactivation Mechanism Of γ- Aminobutyric Acid Aminotransferase", Organic and Biomolecular Chemistry (ISI) , 2011 , Organic and Biomolecular Chemistry,2011 Vol. 9, pp.5162-517

 

A.Yildirim,F. A.Sungur Konuklar, S. Catak, V.  Van Speybroeck, M. Waroquier, I. Dogan, . V. Aviyente “ Solvent-Catalyzed Ring–Chain–Ring Tautomerization in Axially      
Chiral Compounds” Chemistry A European Journal, 2012,  Vol. 18 ( 40) pp. 12725-12732.

 

H. Gökcan, F.A.S. Konuklar, “Theoretical Study On HF Elimination And Aromatization  Mechanisms: A Case Of Pyridoxal 5'Phosphate Dependent Enzyme”
Journal of Organic Chemistry, 2012, Vol. 77 (13), pp 5533–5543

 

İçerik hazırlanmaktadır.

YÖNETİLEN TEZLER

1

 Adem Tekin, ‘Phase Coexistence and Melting of Binary Noble Gas Clusters ’, Haziran 2001,

2

Erol Yıldırım, ‘Accurate Determination of the Potential Energy Surfaces and the Molecular Properties for MHe+ ( M=Li, Na, K) Complexes Using Quantum Mechanical Techniques’,Haziran 2005.

3

Meral Uğuz Arı, ‘Molecular Dynamics Simulation of Water Diffusion in Silicalite-1’, Haziran 2005.

4

Barış Gündoğdu, ‘The effect of the side chains on the structural and physicomechanical properties of poly(p-phenylene)s’, Haziran 2007.

5

Burcu Kenarlı, ‘Theoretical Study on the Morphology of the Polystyrene, Poly(ε-caprolactone) and Poly(2-methyloxazoline) Substituted Phenylene Oligomers, Haziran 2008.

6

Güneş Karaş, ‘ The Effect of Molecular Organizations of PMMA-PPP and PS-PPP Block Copolymers on the Morphology and on the Optical, Electronic and Mechanical Properties’, Ocak 2009.

7

Berkay Sütay, B132‘A Theoretical Study on the Electronic, Optical and Morphological Properties of the Polypyrrole-Based Nanostructures’, Haziran 2010.

8

Duygu Aksoy, ‘A Theoretical Study on the Electronic, Optical and Morphological Properties of the Polypyrrole-Based Nanostructures’, Haziran 2009.

9

Songül Güryel, ‘A Theoretical Study on the Electronic, Optical and Morphological Properties of the Polypyrrole-Based Nanostructures’, Haziran 2010

10

Mehmet Ali Çelik, ‘Alfa, Beta Doymamış Ketonlardan Oluşan Yilidlerin Kapanma Reaksiyon Mekanizmalarının Teorik Olarak İncelenmesi’, Temmuz 2008.

11

Esra Tiftikçi,  ‘Taç Eterlerin Katyon Bağlama Özelliklerinin Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi ve Moleküler Dinamik Simülasyonu Yöntemi ile İncelenmesi’, Temmuz 2008.

12

Erol Yıldırım, ' Molecular Dynamics Simulations on the Structure and Interfacial Interactions of Polyethylene-Organoclay nanocomposites', Aralık 2012.

13

Özen, C., “Karben Üzerinden İlerleyen Metal Katalizörlü Tepkimelerin DFT Metoduyla Modellenmesi”, İstanbul Teknik Üniversitesi, 2007-2012

14

Katırcı, R. “Karbonil Ylidlerin Halkalaşma Tepkimelerinde Regioselektivitenin Hesaplamalı Kimya Yöntemleri İle Modellenmesi alpha-beta Konjuge Ketonlar, İstanbul Teknik Üniversitesi, 2006.

15

Bayata, F., “Quantum Mechanical and Experimental Investigation of the Electrochemical Properies of N-substituted Pyrrole Derivatives”, İstanbul Teknik Üniversitesi, 2007

16

Özen, C., “The Mechanism of Copper-Catalyzed Cyclopropanation Reaction : A Dft Study” İstanbul Teknik Üniversitesi, 2007.

17

Boz, E., “A Theoretical Approach to Ruthenium Catalyzed Cycloaddition Reactions”, İstanbul Teknik Üniversitesi, 2011.

18

Kayık, G. “A Quantum Mechanical Study on the Stereospecific Radical Polymerization of Acrylates”, İstanbul Teknik Üniversitesi, 2011.

19

Güvenç, E. "Molecular Modeling of Ether Adsorption in ZSM-5 zeolites", İTÜ, 2009.

20

Karagözlüoğlu, M. "Adsorption of Trichloroethylene and Methyl Tertiary Butyl Ether in Zeolites", İTÜ, 2010.

21

Panos, M.; "Poliüretan Yüzeylerde Fibronektin Adsorpsiyonu", İTÜ, 2011.

22

Kabacaoğlu, I., "Gas Sorption in 3,5-Diaminobenzoic Acid (DABA) Based Polyimides", İTÜ, 2011.

23

Özmaldar, A., "The Investigation of Oxidative Decomposition of Phenyl Alanine by Transition Metal Ions", İTÜ, 2012.

24

Deniz Karakaş, "Sepiyolit kiline kuvaterner amin sürfaktanlarının adsorbsiyonunun deneysel ve teorik incelenmesi", İTÜ, 2011.

25

Süha Erhan Ünal, "Hydrogen adsorption on functionalized single-walled carbon nanotubes: A DFT study", İTÜ, 2012

24

Selin Hilkat, "Modeling protein adsorption on polyurethane films using Brownian dynamics simulations", (Prof. Dr. F. Seniha Güner ile birlikte), İTÜ, Devam ediyor.

25

Sinan Fındık, "Functional dynamics of the human dopamine receptor revealed by elastic networks and molecular dynamics", (Öğr. Gör. Dr. Tuğba Arzu Özal ile birlikte), Kadir Has Üniversitesi, Devam ediyor.

26

Semra Bayat, " The Interactions of Metalions With Thymine Tautomers: A Computational Study ", İTÜ 2007 .

27

Ahmet Tuncer DURAK  "Invactıvation of Gaba-at By Gamma-Vinyl-Gaba: A Computational Approach  ", İTÜ 2009.

28

Mustafa Çoban," A Computational Study on The Kinetics and Mechanism of Urethane Formation", İTÜ 2011

29

Hatice Gökcan, "A Computational Study on Inactivation Mechanisms of Gaba-AT", İTÜ 2011

son güncelleme : Ocak 2013

İçerik hazırlanmaktadır.
Bilgi İşlem Daire Başkanlığı
© Copyright İTÜ