İTÜ Çalışma Grupları

İTÜ - Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Laboratuvarları

İTÜ - Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji ve Genetik Araştırma Merkezi (MOBGAM) Laboratuvarları

İTÜ - Elektrik Elektronik Mühendisliği Bölümü Laboratuvarları

İTÜ - Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Bölümü Laboratuvarları

İTÜ - Makina Mühendisliği Bölümü Laboratuvarları

Prof. Dr. Arzu Karabay-Korkmaz

• Septin3 Proteininin p60-katanin ile Etkileşiminin Fiziksel ve Fonksiyonel Olarak Aydınlatılması, 114Z244, TUBİTAK-KBAG-1001, Eylül 2014-2017

• Nörodejeneratif Herediter Spastik Parapleji Hastalarının Kan Hücrelerinin Nöron ve Kas Hücrelerine Dönüştürülmesi, 0415.STZ.201,  SAN-TEZ - Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı, Mart 2014-2017,

• Herediter Spastik Parapleji Hastalığında SPG4 Gen Promotorunun Genetik Analizi, İTÜ Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri, Eylül 2014-2015

• P60-katanin (KATNA1) geninin regülatör bölgelerinin tespiti ve p53 ile transkripsiyonel regülasyonunun incelenmesi, 113Z462 TÜBİTAK,  Eylül 2013-2014

• Transgenik Hücre Araştırma Laboratuvarı Kurulması, İTÜ-Alt Yapı Projesi, Mart 2014- Eylül 2014

• Katanin p80 Geninin Promotor Analizi ve Transkripsiyonel Regülasyonu, İTÜ Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri #34776, Temmuz 2011-Ocak 2013

• Nöronlarda Mitotik Aktivasyonun Rejenerasyona Yönlendirilmesi, 108T811 TÜBİTAK-TBAG-1001, Eylül 2009-2012

• Diferensiye Olmuş Nöronlarda Mitoz, TÜBA-GEBİP, Eylül 2008-20011

• Nörodejenerasyonda Mitotik Belirteçlerin Aktivasyonunun Kontrolü, Loreal-TUBA Genç Bilim Kadınlarına Destek Projesi, Eylül 2008-2009

• Spastin Promotor Elementlerinin Bulunması ve Karakterizasyonu, 108T288 TÜBİTAK-TBAG-1001, 2008-2009

• Sinir Hücresi Gelişiminde İşlevsel Akson Bağlantılarının Moleküler Mekanizması ve Nörorejenerasyon, 106S24COST-B30-06 TÜBİTAK-SBAG, Mart 2007-2009

• Nöron Hücre İskeletinde Mikrotubullerin Katanin ve Spastin Proteinleri ile Organizasyonu, 104T221 TÜBİTAK-TBAG1001, Eylül 2005-2010

• Organization of Neuronal Cytoskeleton, TWAS-04-375 RG/BIO/AS, Kasım 2005 - Mayıs 2007

• Nöronlarda Eksi Yönlü Fonksiyonel Dynein Homologunun Tespiti, Beyin Araştırmaları Derneği- Wyeth İlaç Firması, 2005-2007

• Microtubule Dynamics and Axon Outgrowth, National Institute of Health – NIHRO1, 2002-2007

• Akrilamidin Mikrotubul Ve Mikrotubul İlişkili Proteinlere Etkisi, 102T083 – TÜBİTAK TBAG-1001, 2002 – 2005

Doç. Dr. Eda Tahir  Turanlı

• Behçet Sendromlu Bireylerin Örneklerinde Protein Belirteçlerinin Tanımlanması, 113S904 - TüBİTAK SBAG-1001, Mart 2014 – Eylül 2016

• Multipl Skleroz'da Proteomik Analizler: Farklı Ms Klinik Alt Tiplerinin Bos ve Serum Örneklerinde Protein Belirteçlerinin Tanımlanması, 109S070- TüBİTAK SBAG-1001, 2009 – 2012

• MEFV Genindeki İntragenik CpG Adacığının MEFV mRNA Transkripsiyonu Üzerindeki Etkisinin Araştırılması, İTÜ-Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri, 2010-2012

• Multiple Skleroz matematik modeline doğru: Cuprizone fare modelinde moleküler biyolojik parametrelerinin belirlenmesi, RNA susturulması çalışmaları, Marmara Üniversitesi Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri, 2008-2010

• Ermeni ve Türk toplumlarında MEFV gen mutasyon ve HLA sıklığı / İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri, 2008-2009

• MEFV gen mutasyonun M694V metilasyona bağlı olarak in vivo ve in vitro işlevsel analizleri, Loreal-TUBA Genç Bilim Kadınlarına Destek Projesi, 2007-2008

• Sağlıklı yaşlı toplumunda genetik tarama: MEFV mutasyonları ve iltihaplı hastalıklar / İstanbul Üniversitesi - Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri,

• Dopamin genleri ve Dikkat Eksikliği Aşırı Hareketlilik Bozukluğu, 1928- TüBiTAK SBAG-1001, 1998-2000

Doç. Dr. Gizem Dinler Doğanay

• Kronik hepatit B’de karaciğer dokusunda hasar yolakları araştırması: Bir karşılaştırmalı proteomik çalışma, Gliead 2013 Fellowship Programı, Aralık 2013-Aralık 2014

• Protein Mühendisliği Yöntemleri ve Hesapsal Yöntemler Kullanılarak Hsp70 Isı Şok Proteininde Substrat Bağlanmasıyla Tetiklenen Allosterik Sinyal Mekanizmasının Araştırılması 110T434 TÜBİTAK-1001  1 Aralık 2010 - 1 Aralık 2012

• Türk ve Bulgar kömürlerinden organik kükürdün uzaklaştırılmasını geliştirmek için genetik mühendislik metotları ile mikrobiyal desülfürizasyonun birleştirilmesi  110M001 TÜBİTAK-2502  1 Temmuz 2010 - 1 Temmuz 2013

• The Effect of HLA DQ and DR Alleles on the Response of Chronic Hepatitis B Treatment Göztepe Eğitim ve Araştırma Hastanesi Bilimsel Araştırma Projeleri, Temmuz 2010-Nisan 2011

• Anti-apoptotik aktiviteye sahip Bag-1 izoformlarının etkileştiği partnerlerin normal hücre koşulları altında belirlenmesi  İTÜ-Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri, 1 Şubat 2010-1 Şubat 2012

Doç. Dr. Ayça Sayı Yazgan

• Helicobacter-Aktive Regülatör B Hücreleri ile Doğal ve Hücre-Aracılı İmmün Sistem Arasındaki Fonksiyonel Etkileşimlerin Araştırılması, 113S174 TÜBİTAK-1001, 2013-2016

• Helicobacter-spesifik Regülatör B hücrelerinin moleküler karakterizasyonu, 111S147 TÜBİTAK-3501, 2011-2014

• Helicobacter pylori- enfekte mide epitel hücrelerinin B hücreleriyle olan etkileşiminin moleküler düzeyde incelenmesi, İTÜ - Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri, 2011-2014

• Characterization of the regulatory role of T- and B- cell subsets in the control of Helicobacter - induced gastric preneoplasia, Stiftung zur Krebsbekaempfung (Kanserle Savaş Dernegi), 2010

• The immune response to Helicobacter pylori infection and its role in gastric carcinogenesis, Desiree & Yde's Fonu, 2007-2010

• The immune response to Helicobacter pylori infection and its role in gastric carcinogenesis, UBS Fonu, 2007-2009

Yrd. Doç. Dr. Aslı Kumbasar

• Nörogenez Sürecinde Nükleer Faktör I Transkripsiyon Faktörlerinin İşlev Mekanizmaları  KBAG, 212T017 TÜBİTAK1001, 2013-2016

• Sinir Kök Hücrelerinde Nörogenez Sürecinin Regülasyonu, İTÜ Bilimsel Araştırma ve Geliştirme Destekleme Programı Projeleri, 2011-2014

• Transcriptional Regulation of Pontine Development,  National Institute of Health - NIHRO1, 2006-2010

• Antianjiyogenik Antikanser Uygulamaların In Vitro Olarak ve Hepatosellüler Kanser Oluşturulmuş Transgenik Farelerde in Vivo Olarak Gerçekleştirilmesi,  102S005 TÜBİTAK-SBAG1001, 2002-2006

• İşlevsel Genomik Alanında TÜBİTAK Gen Mühendisliği ve Bİyoteknoloji Araştırma Enstitüsü'nün Bilimsel ve Teknik Araştırma Kapasitesinin Güçlendirilmesi, 105S363 TÜBİTAK-SBAG,  2006

İçerik hazırlanmaktadır.

İçerik hazırlanmaktadır.

2009 - 2014 Yıllar Arasındaki Yayınlar

Bag-1L mediated chemoresistance mechanism acting through preventing of downregulation of Mcl-1 and c-Raf expression levels controlled by heat shock proteins in Cisplatin treated HeLa cervix cancer cells,Pelin Ozfiliz, Tugce Nur Eralp, Elif Damla Arisan, Ajda Coker-Gurkan, Pinar Obakan, Gizem Dinler-Doganay, Narcin Palavan-Unsal
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention , 2014

Association of HLA DQB1 and DRB1 Alleles with Chronic Hepatitis B,
Doganay L., Fejzullahu A., S. Katrinli, F. Enc, O. Ozturk, Colak Y., C. Ulasoglu, I. Tuncer, Gizem Dinler-Doganay
World Journal of Gastroenterology (2014)

The effect of HLA DQB1 alleles on virologic breakthroughs during chronic Hepatitis B treatment with genetically low barrier drugs
Doganay L.,I. Tuncer, S. Katrinli, F. Enc, O. Ozturk, Colak Y., C. Ulasoglu, Gizem Dinler
Clinics and Research in Hepatology and Gastroenterology, 2013, 37 (4): 35 364                            DOI:10.1016/j.clinre.2012.10.013

Katanin-p80 Gene Promoter Characterization and Regulation via Elk1
Ece Selcuk, Koray Kırımtay, Derya Canbaz, Guher - Isık Cesur, Sirin Korulu, Arzu Karabay
PLoS One. 2013 Jul 24;8(7):e69423. doi: 10.1371/journal.pone.0069423

Protein kinase C activation causes neurite retraction via cyclinD1 and p60-katanin increase in rat hippocampal neurons
Sirin Korulu, Aysegul Yildiz-Unal, Meral Yüksel, Arzu Karabay
Eur J Neurosci. 2013 May;37(10):1610-9. doi: 10.1111/ejn.12185. Epub 2013 Mar 15

Speedy/RINGO Inhibits Calpain-Directed Apoptosis in Neurons
Aysegul Yildiz-Unal, Sirin Korulu, Arzu Karabay
JAD-12-0652, J Alzheimers Disease 2012 Jan 1;31(4):779-91 . doi: 10.3233/JAD-2012-120652.

Pin1 Inhibition Activates Cyclin D and Produces Neurodegenerative Pathology
Kutay Deniz Atabay ve Arzu Karabay
J Neurochem. 2012 Feb;120(3):430-9. doi: 10.1111/j.1471-4159.2011.07259.x. Epub 2011 May 5

Protein biomarkers for multiple sclerosis: semi-quantitative analysis of cerebrospinal fluid candidate protein biomarkers in different forms of multiple sclerosis
Avsar T, Korkmaz D, Tütüncü M, Demirci NO, Saip S, Kamasak M, Siva A, Turanli ET.
Multiple Sclerosis, 2012 epub. DOI: 1177/1352458511433303

The role of Th cell subsets in the control of Helicobacter infections and in T-cell driven gastric immunopathology
Hitzler, E. Kohler, D. B. Engler, A. Sayi Yazgan, A. Müller
Frontiers in Mucosal Immunity, Haziran 2012, Vol 3, no 142, 1-8

Caspase-1 has both pro-inflammatory and regulatory properties in Helicobacter infections, which are differentially mediated by its substrates IL-1β and IL-18
Hitzler, A. Sayi, E. Kohler, D. B. Engler, K. N. Koch, W. D. Hardt, A. Müller
Journal of Immunology Nisan 2012; Vol 188, no. 8, 3594-602

Cell Cycle Markers Have Different Expression and Localization Patterns in Neuron-like PC12 Cells
and Primary Hippocampal Neurons
Yesim Negis, Aysegul Yildiz Unal, Sirin Korulu ve Arzu Karabay
Neuroscience Letters, 2011 Jun, 496 (2),pp. 135-140, doi: 10.1016/j.neulet.2011.03.100 Epub 2011 Apr
12 

SPG4 Gene Promoter Regulation via Elk1 Transcription Factor
Derya Canbaz, Koray Kırımtay, Esra Karaca, Arzu Karabay
Journal of Neurochemistry, 2011 May;117(4):724-34, doi: 10.1111/j.1471-4159.2011.07243.x. Epub 2011 Apr 6

IGF-1 Participates Differently in Regulation of Severing Activity of Katanin and Spastin
Şirin Korulu, Arzu Karabay
Cellular and Molecular Neurobiology, 2011 May;31(4):497-501 . doi: 10.1007/s10571-011-9654-9. Epub 2011 Jan 28                              

Analysis of MEFV exon methylation and expression patterns in familial Mediterranean fever
Asli K Kirectepe, Ozgur Kasapcopur , Nil Arisoy, Gokce Celikyapi, Gulen Hatemi, Huri Ozdogan andEda Tahir Turanli

Int J Immunogenet. 2011; 38(4):327-9
Increased expression of exon 2 deleted MEFV transcript in Familial Mediterranean Fever Patients
Asli K Kirectepe, Gokce Celikyapi Erdem, Nevcin Senturk, Nil Arisoy, Gulen Hatemi, Huri Ozdogan, Ozgur Kasapcopur and Eda Tahir Turanli
January 2011 International J of Immunogenetics

In vitro labeling of hydroxyapatite minerals by an engineered protein
Yuca E., A. Yazgan-Karatas, U. O. S. Seker, M. Gungormus, Gizem Dinler-Doganay, M.Sarikaya, C. Tamerler 
Biotechnology and Bioengineering, 2011, 108(5):1021-1030

Expression and cellular localization of ZIP1 transporter under zinc deficiency in wild emmer wheat
Durmaz E., C. Coruh, Gizem Dinler, M. A. Grusak, Z. Peleg, Y. Saranga, T. Fahima, A. Yazici,
L. Ozturk, I. Cakmak, H. Budak

Plant Molecular Biology Reporter, 2011, DOI 10.1007/s11105-010-0264-3
TLR-2–Activated B Cells Suppress Helicobacter-Induced Preneoplastic Gastric Immunopathology by Inducing T Regulatory-1
A.Sayi, E. Kohler, I. Toller, R. A. Flavell, W. Mueller, A. Roers, A. Mueller

Journal of Immunology Ocak 2011; Vol. 186, no. 2, 878-890
Production and Characterization of a Monoclonal Antibody against p60-Katanin
Meray Akkor, Arzu Karabay
Hybridoma, 29(6): 531-537, Aralık 2010 DOI: 10.1089/hyb.2010.0050 Epub 2010 Dec 6

Monoclonal Antibody 1G6 Against p60-Katanin
Meray Akkor, Arzu Karabay
Hybridoma, 29 (6): 558-558, Aralık 2010 DOI: 10.1089=hyb.2010.0078.Mab         

The Prevalence of Behçet’s Syndrome, Familial Mediterranean Fever, HLA-B51 and MEFV gene mutations among Ethnic Armenians living in Istanbul, Turkey.
Emire Seyahi, Eda Tahir Turanli, Mehmet Serhat Mangan, Gökçe Çelikyapı, Veysel Oktay, Dilşen Çevirgen, Duygu Kuzuoğlu, Şuşan Muratyan and Hasan Yazıcı.

Clinical and Experimental Rheumatology, 2010,28,4,Suppl.60, pages 67-75
A twin study in Behçet`s syndrome
Seval Masatlıoğlu, Emire Seyahi, Eda Tahir Turanli, Izzet Fresko, Feride Göğüs, Ebubekir Senates, Oğuz Savra ve Hasan Yazıcı.

Clinical and Experimental Rheumatology, 2010,28,4,Suppl.60, pages 62-66
Prostaglandin E2 prevents Helicobacter-induced gastric preneoplasia and facilitates persistent infection in a mouse model

Toller, I. Hitzler, A. Sayi, A. Mueller
Gastroenterology, Nisan 2010, Vol 138 issue 4, 1455-1467  

Common MEFV mutations and polimorphisms in an elderly population: An Association with E148Q mutation and Rheumatoid Factor levels

Eda Tahir Turanli , Tanju Beger, Deniz Erdincler, Aslı Cungurlu, Sinem  Karaman, Esra Karaca, Selcuk Dasdemir, Murat Bolayirli  and  Hasan Yazici

Clinical and Experimental Rheumatology, 2009, Vol 27: 340-343
Protective and pathogenic functions of T-cells are inseparable during the Helicobacter-host interaction
Mueller, A. Sayi, I. Hitzler,
Discovery Medicine, Ağustos 2009, Volume 8, sayi 41: 68-73

The CD4+ T-cell-mediated Interferon-gamma response to Helicobacter infection is essential for clearance and determines gastric cancer risk
Sayi, E. Kohler, I. Hitzler, I. Arnold, R. Schwendener, H. Rehrauer, A. Mueller
Journal of Immunology, Haziran 2009; Vol 182 no 11, 7085-7101

Absence of the transcription factor Nfib delays the formation of the basilar pontine and other mossy fiber nuclei
Kumbasar A., C. Plachez, R. M. Gronostajski, L.J. Richards and  E. D. Litwack
J. Comp. Neurol, 2009, 513